Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用)、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具(包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接)、基于小分子的药物设计工具(包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET)和...
我们首先需通过File打开一个蛋白三维结构,我们依然以Trk-A蛋白6PL1为例,打开蛋白后,依照上节的方法对蛋白进行预处理,然后需要先将该蛋白定义为受体,方便后续进行分子对接。 在工具浏览器中,点击Receptor-Ligand Interactions>Define and Edit Binding Site>Define Receptor,以上操作即可将蛋白分子6PL1定义为受体分子。 1...
在过去的几十年中,分子对接模拟技术已成为药物分析中不可或缺的一部分。本文将对药物分析中的分子对接模拟技术进行研究,以探讨其在药物研发中的应用和潜力。 一、分子对接模拟技术的基本原理 分子对接模拟技术是一种计算方法,用于模拟和预测分子之间的结合方式和力学特性。该技术可以帮助研究人员了解药物与靶标蛋白之间...
(4)采用多光谱技术和分子对接模拟相结合的方法,分析了肌球蛋白结合醛的化学作用力和活性结合位点。 03. 分子对接 使用分子对接方法模拟肌球蛋白和戊醛之间的相互作用。兔肌球蛋白(ID: 6YSY)的晶体结构从RSCB蛋白数据库(http://www.rcs...
摘要:【目的】采用分子对接技术模拟预测复明片与M胆碱受体的作用关系。【方法】建立复明片活性成分数据库,采用Autodocking vina等软件,以M胆碱受体蛋白激动剂 IX0作为配体,建立 M胆碱受体蛋白的活性位点,对复明片中活性成分进行分子对接模拟预测。【结果】以自带配体IX0(-6.5 kcal/mol)为阈值,复明片中共有217种成分...
该文从分子模拟的概念出发,首先介绍了分子对接、分子动力学和量子力学3种分子模拟技术的基本原理,重点综述了分子对接技术(基于AutoDock和Discovery Studio软件)、分子动力学技术(基于GROMACS和Materials Studio软件)和量子力学技术(基于Gaussian软...
委托清析技术研究院对客户提供的样品进行分子对接模拟计算,计算得出ZIF-8和LeuDH及亮氨酸脱氢酶(LeuDH)和葡萄糖脱氢酶脱氢酶(GDH)的双酶连接复合酶(LeuDH-sc-st-GDH)的潜在结合位点。
分子对接的基本原理就是把配体分子放在受体活性位点的位置,然后按照几何互补和能量互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的优劣,最终找到这两个分子之间最佳的结合模式。分子对接分为刚性、半柔性和柔性对接 2022-12-06 11:58:48 谷东科技成功实现分子键合技术验证 ...
分子对接是一种基于结构生物学的计算方法,通过模拟分子间的相互作用,预测配体与受体结合的模式和亲和力。分子对接技术已广泛应用于药物设计、虚拟筛选等领域,为新药的研发提供了有力支持。分子对接技术简介技术应用分子对接原理 复明片成分与功效01复明片主要由多种中药成分组成,具有清热解毒、活血化瘀等功效,对视觉障碍疾...
利用计算机分子对接软件DiscoveryStudio3.1client,将6种常见黄曲霉毒素分子B1、B2、M1、M2、G1、G2与其具有强亲和性的蛋白进行虚拟对接实验,而这些蛋白在细胞凋亡、激素代谢、免疫抑制以及消化系统功能方面有重要的作用。通过本实验能够初步模拟黄曲霉毒素分子毒性作用位点,对于其毒理机制研究有重要的辅助作用。关键词黄...