转录组是研究功能基因的利器，主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱，即对RNA进行鉴定和定量，表达谱能反映机体的生理状态，如通过分析差别表达情况，去判定机体癌症相关的病变。但单一的转录组难以确定关键途径。代谢组学是基于LC-MS/MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物进行定性和相对定量分析。
转录组和代谢组作为两种最常用的组学研究方法，在高分文章常能看到其身影。他们分别研究基因转录的RNA水平和生物体内代谢产物的变化。代谢组与转录组关联分析筛选出可能和表型变化相关的通路来研究，从而在代谢通路上更好地解释转录调控机制。本期为大家盘点部分最新的优秀项目文章以供参考，欧易生物为以下文章提供转录组+...
通过整合转录组和代谢组数据,发现植物可以通过抗氧化酶系统抵消轻度PS-NP诱导的氧化应激,而不启动次级代谢防御机制。而重度PS-NP处理促进了代谢模式从初级代谢到次级代谢防御机制的转变,这种效应在类黄酮生物合成的上调期间特别明显。本研究进一步阐明了关键生化途径在植物对纳米塑料毒性反应中的作用。 图4. PS-NP胁迫诱...
研究概述:本研究旨在通过整合转录组学、代谢组学和全基因组关联分析(GWAS)数据,揭示代谢物水平和疾病风险的分子机制。研究发现,调控代谢物水平的遗传变异更有可能影响基因表达和疾病风险。将转录组学与代谢组学结果整合,对521种代谢物的397个基因进行了优先排序,其中包括496个先前鉴定的具有强功能联系的基因-代谢物对,...
转录组+代谢组在疾病研究中的思路,首先是构建模型材料或直接收集相关样本,然后分别进行转录组和代谢组检测,接下来将2个组学进行关联分析,利用基因和代谢物的表达水平、富集通路等信息,筛选共同变化的基因、代谢物及代谢通路,从而解析疾病的转录调控机制。最后还可结合一些分子实验进一步验证疾病的转录调控机制。详细如下:...
单细胞转录组在细胞水平上展示了细胞中转录本差异变化,而代谢组则表征了组织中代谢物的差异变化,同时使用两种组学联合分析,可同时掌握细胞内的基因调控机制和代谢物丰度变化,揭示其间更深刻的分子机制。 多组学联合分析是发表高分文章的必要策略,高分文章更是产出不断!接下来,为大家分享6篇经典的“单细胞转录组+代谢组...
转录组+代谢组关联分析整体可以分为两大部分,基于KEGG通路的kegg注释和富集分析;基于相关性的关联分析。 KEGG 基于KEGG的关联分析 KEGG通路注释 KEGG数据库的特点是,将基因和代谢物以图形化的形式显现出来,以便研究者了解生物体内基因与代谢的合成调控过程。对转录组与代谢组的...
转录组是指在特定条件下,生物体内全部或某一部分基因被转录成mRNA的总和。转录组研究的主要内容包括基因表达的定量和定性分析、基因功能的预测、转录调控机制的研究等。 1.基因表达的定量和定性分析 转录组研究可以通过高通量测序技术,如RNA-seq,对某一细胞或组织内的所有mRNA进行测序和分析。通过对比分析转录组数据可...
图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA图 注：图中每个点代表一个样本，不同的颜色表示不同的组别；...
代谢组指生物样品（细胞、组织、体液或生物体等）中的一整套小分子化学物质。转录组是在特定细胞或组织类型中产生的全部mRNA分子或转录出的所有RNA，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA和非编码RNA。代谢组与转录组。代谢组学和转录组学的关系 代谢物是受内部和外部因素影响的生物体内基因转录的最终结果，可以直接反映生物...