转录组与代谢组联合分析是基于两个组学各自的标准分析结果,将差异基因和差异代谢物在代谢通路上的注释结果进行关联分析,可以在代谢通路上更好地解释转录调控机制。基于KEGG功能通路和基于表达量数据的关联分析是当前转录组+代谢组常用的两种分析策略。 1 基于K...
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法，他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。转录组是研究功能基因的利器，主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱，即对RNA进行鉴定和定量，表达谱能反映机体的生理状态，如通过分析差别表达情况，去判定机体癌症相关的...
多组学联合分析可以系统地解析复杂的生物学调控机制,特别是“转录组+代谢组”联合分析,可以同时从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,筛选出关键基因、代谢物和代谢通路,在植物生长发育、逆境胁迫下的响应机制、植物次生代谢物等研究领域有广泛应用。 基迪奥的多组学联合分析服务口碑在线,文章产出更是不断!下面分...
本研究对肿瘤移植14天后的PDAC AhR缺失小鼠和PDAC正常小鼠的肿瘤样本进行scRNA-seq测序;对PDAC肿瘤内巨噬细胞、组织内巨噬细胞进行转录组检测;对使用乳酸菌属培养基上清液进行代谢组检测;对使用乳酸菌(L. murinus)、约氏乳杆菌(L. johnsonii)、罗氏乳杆菌(L. reuteri)、肠乳杆菌(L. intestinalis)灌胃处理的C57BL/...
转录组和代谢组联合分析是一种多组学分析方法,它可以将来源于相同样本差异表达的基因和代谢物进行关联分析,从而揭示生物体内代谢途径的调控机制和生物标记。该方法可以利用生物信息学分析、机器学习等方法对转录组和代谢组数据进行整合和分析,从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,解释生物过程的复杂性和整体性。
一、转录组+代谢组联合分析 转录组和代谢组是两种重要的生物学研究方法,他们分别研究基因转录的mRNA水平和生物体内代谢产物的变化。 转录组是研究功能基因的利器,主要是测定某一时期生物体在特定条件下基因的表达谱,即对RNA进行鉴定和定量,表达谱能反映机体的生理状态,如通过分析差别表达情况,去判定机体癌症相关的病变。
基于代谢组和转录组数据可以全面、系统地研究转录组和代谢组之间的相互作用和调控关系,从而更深入地理解生物体的代谢过程和基因表达调控机制。从基因转录和代谢物变化两个层面共同揭示生物体在医学领域的复杂生命活动规律。接下来分享两篇医学领域的转录组+代谢组研究案例,带您一览组学联合的常见分析策略 三、经典案例一...
多组学技术可以通过对生物多种组学进行分析,从而对不同层次分子在生命系统里的功能进行联合探究。转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术,转录组分析用于了解基因在不同条件下的表达情况,代谢组分析则可以揭示代谢物在不同条件下的变化。两种技术的结合可以更全面地...
联合分析思路 1.首先通过单细胞转录组测序,锁定核心细胞亚群,再通过核心细胞亚群的差异表达基因,关联下游的代谢图谱,起到验证单细胞结论的作用。 2.先进行代谢组分析,识别出那些具有显著差异的代谢物,再通过单细胞转录组测序锁定相关基因和代谢通路,实现从发现现象到机制解析的过程。
其中，转录组和代谢组的联合分析是一种常见的多组学研究方法。图1 转录组-代谢组关联分析流程图 一、 转录组和代谢组 PCA 比较分析 通过PCA方法，能够观察组内样本的聚集程度和组间样本的总体分布趋势，然后比较不同的组学的分布趋势的异同和变化。利用全部的基因与代谢物进行PCA的绘制。图2 转录组和代谢组的PCA...