如上所述,是针对A和B两套亚基因组之间差异较大,且具有近源物种的情况下。例如陆地棉/海岛棉(AADD)的A与D亚基因组,芥菜(AABB)的A与B亚基因组,油菜的A与C亚基因组,都可以通过这种方式分离出来。然而不同的多倍体亚基因组之间差异程度不同,刚说的油菜的A与C之间的相似程度就比芥菜的A与B之间的相似程度更高。
多倍体亚基因组是指在异源多倍体物种形成后,来自每个二倍体祖先物种的基因组(称为亚基因组)在一个单一的细胞核中相互协调和共存的状态。这些亚基因组必须迅速解决一系列潜在的遗传不亲和性,以获得与二倍体更像的状态。为了实现这一目标,多倍体基因组会经历基因丢失(或分异,fractionation)和染色体数目减少的过程。 在...
单倍型亚基因组指生物体内一组特定单倍型对应的基因组区域。单倍型是同一染色体上紧密连锁的等位基因组合，亚基因组则是整个基因组中某个功能或结构相对独立的部分。比如人类基因组由23对染色体组成，每对染色体上的同源区域携带不同单倍型，这些单倍型组合形成的特定区域构成单倍型亚基因组。研究单倍型亚基因组需要先确定...
生成的七棵树均显示出相同的系统发育拓扑结构(即[A,D],B),其中D亚基因组与A亚基因组关系最接近(如图S2所示)。因此,基于每个染色体的系统发育,分别分配了A和B亚基因组(如图1A和B所示),将亚基因组A分配为D的姐妹亚基因组,将亚基因组B分配为A + D枝的姐妹亚基因组。最后,使用分阶段亚基因组,我们重建了具...
其染色体组为AADD，且已有研究揭示，在陆地棉中，A和D基因组的不同亚基因组间存在不对称的驯化选择现象。例如，与色素合成相关的两个基因位点仅在D亚基因组中受到青睐。然而，这两种亚基因组之间究竟如何协同作用，以共同塑造棉纤维的优质特性，却仍是一个未解之谜。图1 A和D亚基因组的不对称驯化选择在陆地棉中...
图1. 棉花全生育期同源基因偏向性/组织优势表达图谱 为探究棉花全生育期亚组同源基因偏向性表达的表观调控机制,该研究深度解析了棉花多组织的亚基因组多层级特征结构(从Mb到kb)特征。研究发现Dt亚基因组具有更频繁的组织间A/B compartment状态转换 (23.29% vs 15.30%),反映出Dt亚组包含更广泛的组织特征区间。此外...
亚基因组间存在复杂的互作关系,优势亚基因组指在特定生物学过程中占据主导地位的亚基因组,其基因表达水平显著高于其他亚基因组。这种现象在作物驯化过程中普遍存在,例如D亚基因组对小麦抗逆性具有显著贡献,B亚基因组在籽粒蛋白质合成中起关键作用。 亚基因组优势的形成机制与染色体结构变异密切相关。六倍体普通小麦经历...
亚基因组和单倍型基因组在很多方面都不同呢。从它们包含的基因内容来说,亚基因组是基因组分割出来的一块特殊区域的基因集合,它的基因之间有着特定的联系和协作,就像小家族里的成员互相配合一样。单倍型基因组则是从整体染色体中挑出的一套基因,更强调的是单倍体状态下的基因组合全貌。这就好比一个是小家族内部的协...
这些细胞遗传学实验应该被认为是亚基因组鉴定最强有力的证据,因为共同的染色体重排以及染色体与外源DNA之间的物理联系都是最近共享同一血统的明显标志。 在异源四倍体棉花(cotton)中,研究人员首次利用16个基因在二倍体和四倍体中进行系统发育聚类分析,以阐明A和D亚基因组的来源。虽然棉花的例子证明了仅利用少量遗传资源是...
对于异源多倍体来说,亲本间的遗传差异立即表现为广义杂交体中的亚基因组优势,并持续传播数千万年。虽然表观遗传修饰肯定参与了基因组优势,但很难确定哪个是首先出现的,被测量的染色质标记还是基因表达。数据支持这样一个结论,即基因组优势和杂种优势是对立的,机械上纠缠在一起;两者都会立即发生在合成广义交杂种中。