亚基因组是某些病毒在复制过程中产生的特殊RNA分子，这类现象常见于冠状病毒、动脉炎病毒等RNA病毒。以冠状病毒为例，整个病毒基因组长度约3万个碱基，在复制时会产生一套长短不等的亚基因组RNA，这些RNA携带不同基因组合，像工厂流水线那样分批次生产病毒需要的各种蛋白质。病毒制造亚基因组的过程充满
要对多倍体进行分析,在基因组组装完成后,首先第一步应该是区分基因组。因此本期主题是“多倍体如何区分亚基因组”。 多倍体基因组主要分为同源多倍体,异源多倍体。常见的异源多倍体有很多,比如普通小麦(AABBDD),二粒小麦(AABB),芥菜(AABB),油菜(AACC),陆地棉/海岛棉(AADD),栽培花生(AABB)等。多倍体的起源有很多种...
生成的七棵树均显示出相同的系统发育拓扑结构(即[A,D],B),其中D亚基因组与A亚基因组关系最接近(如图S2所示)。因此,基于每个染色体的系统发育,分别分配了A和B亚基因组(如图1A和B所示),将亚基因组A分配为D的姐妹亚基因组,将亚基因组B分配为A + D枝的姐妹亚基因组。最后,使用分阶段亚基因组,我们重建了具...
亚基因组间存在复杂的互作关系,优势亚基因组指在特定生物学过程中占据主导地位的亚基因组,其基因表达水平显著高于其他亚基因组。这种现象在作物驯化过程中普遍存在,例如D亚基因组对小麦抗逆性具有显著贡献,B亚基因组在籽粒蛋白质合成中起关键作用。 亚基因组优势的形成机制与染色体结构变异密切相关。六倍体普通小麦经历...
这些细胞遗传学实验应该被认为是亚基因组鉴定最强有力的证据,因为共同的染色体重排以及染色体与外源DNA之间的物理联系都是最近共享同一血统的明显标志。 在异源四倍体棉花(cotton)中,研究人员首次利用16个基因在二倍体和四倍体中进行系统发育聚类分析,以阐明A和D亚基因组的来源。虽然棉花的例子证明了仅利用少量遗传资源是...
多倍体亚基因组是指在异源多倍体物种形成后,来自每个二倍体祖先物种的基因组(称为亚基因组)在一个单一的细胞核中相互协调和共存的状态。这些亚基因组必须迅速解决一系列潜在的遗传不亲和性,以获得与二倍体更像的状态。为了实现这一目标,多倍体基因组会经历基因丢失(或分异,fractionation)和染色体数目减少的过程。 在...
亚基因组间共线性分析 网上的很多教程说的共线性分析,往往是指的基因的共线性分布情况,具体作图时依据基因的关联位置信息等,输入文件包括gff以及fasta等信息。 这里说的亚基因组共线性,是指两条序列或两个基因组间的一致性分布情况,只需要输入两条fasta或者两个基因组序列文件即可,主要目的是看序列间的相似性以及...
图1. 棉花全生育期同源基因偏向性/组织优势表达图谱 为探究棉花全生育期亚组同源基因偏向性表达的表观调控机制,该研究深度解析了棉花多组织的亚基因组多层级特征结构(从Mb到kb)特征。研究发现Dt亚基因组具有更频繁的组织间A/B compartment状态转换 (23.29% vs 15.30%),反映出Dt亚组包含更广泛的组织特征区间。此外...
亚基因组和单倍型基因组在很多方面都不同呢。从它们包含的基因内容来说,亚基因组是基因组分割出来的一块特殊区域的基因集合,它的基因之间有着特定的联系和协作,就像小家族里的成员互相配合一样。单倍型基因组则是从整体染色体中挑出的一套基因,更强调的是单倍体状态下的基因组合全貌。这就好比一个是小家族内部的协...
利用单细胞表达数据,研究者在单细胞水平探究了小麦亚基因组不对称表达现象。首先,研究者发现原本在bulk RNA-seq中被鉴定为“平衡表达”模式的基因在不同细胞类型水平则可能表现为不同比例的“不对称表达”模式。这说明亚基因组间的基因不对称表达在根细胞的分化和发育过程是动态变化的,具有较高的异质性特征。同时,研...