ImportError: cannot import name 'find_stack_level' from 'pandas.util._exceptions' (/home/liulu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/pandas/util/_exceptions.py) cause: version solve: pip install -U pandas==1.3 python版运行失败,运行代码如下 conda create -n xpclr python=3.7 git clone https:...
牛津大学 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的 bug。如果需要使用 XP-CLR 对大量样本分析,推荐使用这个重构的 Python版。 Python版的仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。 安装# 可以克隆 GitHub 仓库再安装: gitclonehttps://github.com/hardingnj/xpclr.git...
这时,也可以用python(实际上我当前的版本已经是Python 3.9.1,所以xpclr也是支持的。)来调用全路径: python /project/xpclr/bin/xpclr --format vcf --input /project/04.sweep/sample750_miss0.6_impute/meanDP3.miss0.6.maf0.01.impute.rename.vcf --samplesA /project/04.sweep/sample750_miss0.6_impute/L...
牛津大学 的 Nick Hardin 使用Python重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的 bug。如果需要使用 XP-CLR 对大量样本分析,推荐使用这个重构的 Python版。 Python版的仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。 安装 可以克隆 GitHub 仓库再安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 git clone ...
git clone https://github.com/hardingnj/xpclr.git cd xpclr python setup.py install 也可以使用 bioconda 安装: conda install xpclr -c bioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfil...
原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 AI检测代码解析 $ /project/biosoft/XPCLR/bin/XPCLR -h Usage: XPCLR -xpclr hapmapInput1 hapmapInput2 mapInput outFile -w gWin(Morgan) snpWin gridSize(bp) chrN -p corrLevel
Python实现代码:genetic_pos = physical_pos 1e-8 100,但需在论文方法部分明确说明该近似处理。 版本兼容问题:v2.1版本后重组率参数单位改为cM/Mb,旧脚本运行时需调整参数量级。建议使用git checkout v1.6回退版本,或按公式new_r = old_r 1e6转换参数值。
= xpclr.util.load_vcf_format_data( File "/gss1/home/zhangf01/zxf-tools/xpclr/lib/python...
python setup.py install Also available via conda via thebiocondachannel: conda install xpclr -c bioconda Use This is a python module with a convenience script attached. It is designed to run on hdf5 files representing genetic data as generated usingscikit-allel. Support is available for VCF and...
python setup.py install Also available via conda via thebiocondachannel: conda install xpclr -c bioconda Use This is a python module with a convenience script attached. It is designed to run on hdf5 files representing genetic data as generated usingscikit-allel. Support is available for VCF and...