conda create -n xpclr python=3.7 git clone https://github.com/hardingnj/xpclr.git cd xpclr python setup.py install python3 /home/liulu/software/xpclr/bin/xpclr --format txt --map mapfile.snp --popA genotype1.geno --popB genotype2.geno --chr 1 --ld 0.95 --phased --maxsnps 600...
这时,也可以用python(实际上我当前的版本已经是Python 3.9.1,所以xpclr也是支持的。)来调用全路径: AI检测代码解析 python /project/xpclr/bin/xpclr --format vcf --input /project/04.sweep/sample750_miss0.6_impute/meanDP3.miss0.6.maf0.01.impute.rename.vcf --samplesA /project/04.sweep/sample750_m...
实测在计算几千个样本的时候,原版软件会报Segmentation Fault的错误。牛津大学 的 Nick Hardin 使用Python重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的 bug。如果需要使用 XP-CLR 对大量样本分析,推荐使用这个重构的 Python版。 Python版的仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。 安装 可以克隆 GitHub ...
牛津大学 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的 bug。如果需要使用 XP-CLR 对大量样本分析,推荐使用这个重构的 Python版。 Python版的仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。 安装# 可以克隆 GitHub 仓库再安装: gitclonehttps://github.com/hardingnj/xpclr.git...
Python版 原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用Python重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install ...
= xpclr.util.load_vcf_format_data( File "/gss1/home/zhangf01/zxf-tools/xpclr/lib/python...
python setup.py install Also available via conda via thebiocondachannel: conda install xpclr -c bioconda Use This is a python module with a convenience script attached. It is designed to run on hdf5 files representing genetic data as generated usingscikit-allel. Support is available for VCF and...
File "/hpc/home/t2024096/.conda/envs/xpclr/lib/python3.9/site-packages/xpclr/util.py", line 119, in load_vcf_wrapper assert "samples" in callset.keys(), "None of the samples provided in {0!r} are found in {1!r}".format( AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys...
sheet = "Fig3a") head(df) 1. 2. 3. 这里作图我们用连续型的x轴,连续型的数据操作坐标轴容易一些 AI检测代码解析 library(stringr) df$x<-as.numeric(str_replace(df$Chromosome,"chr","")) head(df) 1. 2. 3. 这里用到了一个R包ggh4x,可以很方便的操作坐标轴,具体可以参考推文...
python setup.py install Also available via conda via thebiocondachannel: conda install xpclr -c bioconda Use This is a python module with a convenience script attached. It is designed to run on hdf5 files representing genetic data as generated usingscikit-allel. Support is available for VCF and...