<module'allel'from'/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/scikit_allel-0.20.3-py2.7-linux-x86_64.egg/allel/__init__.py'>>>dir(allel) ['AlleleCountsArray','AlleleCountsCArray','AlleleCountsCTable','AlleleCountsChunkedArray','AlleleCountsChunkedTable','AlleleCountsDaskArray'...
Python2.7.18|Anaconda,Inc.|(default,Nov252022,06:27:37)[GCC11.2.0]on linux2Type"help","copyright","credits"or"license"formore information.>>>import allel>>>allel<module'allel'from'/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/scikit_allel-0.20.3-py2.7-linux-x86_64.egg/allel...
检查你vcf文件里面第一列染色体ID是不是和你命令行里面的对应；
使用XP-CLR检测基因组中的选择信号 检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨群体复合似然比检验),是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然...
提防图灵焦油坑，在这个坑里，一切皆有可能，但有趣的事情都不容易。所以这是可能的，但是由于XP可能...
Here you will find a series of scripts intended to automate different tasks. Make sure to give them execution permission if necessary (chmod +x your_scriptfor Linux/MacOS). /scripts/lorawan_gateway_scripts Easily set up your gateway and switch its channels for sniffing purposes. For more infor...
上一篇文章《使用XP-CLR检测基因组中的选择信号》介绍了 XP-CLR。XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(multilocus allele frequency differentiation)建立模型,...