INCAR再多说两句。优化算法若想使用vtst的,需要如上设置IBRION=3,POTIM=0,IOPT设置见上图。若使用vasp自带的优化器,可以使用IBRION=1或者3,不要取2;POTIM取合适的值(0.01-0.5范围内去尝试)。 这样就可以提交NEB任务了。 4. 后处理 计算过程中,可以用nebef.pl命令(不带参数)查看计算收敛情况。 输出中,第二列...
CI-NEB过渡态计算步骤,练习一:O在Au(111)上的迁移 我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末态距离的平方...
tar -zxvf vtstscripts.tgz 进入文件,给予权限 cd vtstscripts-1034 chmod+x * 复制需要用的文件脚本到和prohgram并列目录的bin文件中 注意Vasp.pm一定要复制过去,这里需要的命令是nebmake.pl,所以只复制这两个命令 cp Vasp.pm nebmake.pl ../../bin 出现错误请在bin中查找是否给予脚本权限,使用chmod +x 脚...
vtst安装教程网页:https://www.hikunpeng.com/doc_center/source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvasp_02_0012.html vtst计算过渡态使用教程:https://zhuanlan.zhihu.com/p/375723525 查看是否有vtst:在vasp的bin中输入strings ./vasp_std | grep -i vtst 如果没有,则重编译VASP 1.解压 tar -xvf...
我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末...
LCLIMB=.TRUE. #通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3 #specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化,选用vtst的优化方法; ...
VASP5.3.5 并行版本+VTST从头编译教程(完整版) 话不多说,直接上教程~~~ 一.环境包 系统:Ubuntu14.04 1.以下软件需要自行单独安装 sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install gcc-multilib sudo apt-get install libstdc++5 sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless...
——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vas
生成vtstcode-178 文件夹 设置VTST 将vtstcode-178 文件夹目录下所有文件复制到 /home/vasp.5.4.4/src/ 中(替换 chain.F ) 打开并修改 src 文件夹中的 main.F ,将 CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6) ...
通过这种方式，图像尝试最大化其沿能带方向的能量，并最小化所有其他方向的力。当此图像收敛时，该图像所处的位置就是鞍点的确切位置。但是对于NEB的这些改进并没有包含在VASP软件包中，我们需要通过VTST脚本来实现(需要重新编译支持CI-NEB的VASP)。NEB方法和CI-NEB方法的对比 下面讲解一下如何用CI-NEB方法计算过渡...