它的核心步骤是5个generate,filter,query,downloadandprepare,对应的函数是:XenaGenerate,XenaFilter,XenaQuery,XenaDownloadandXenaPrepare 支持的数据集 这个UCSCXenaTools包自带了一个表格,是XenaData,可以看到: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 library(UCSCXenaTools)data(XenaData)>dim(...
UCSCXenaTools is an R package for downloading and exploring data from UCSC Xena data hubs, which are
生成XenaHub对象 #UCSCXenaTools 使用包内置数据集 XenaData 辅助生成 XenaHub 对象,这个数据集记录了当前所有数据集的信息。 data(XenaData) head(XenaData) #> # A tibble: 6 x 17 #> XenaHosts XenaHostNames XenaCohorts XenaDatasets SampleCount DataSubtype #> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <...
安装与使用安装UCSCXenaTools非常简单，只需调用相应包。加载包后，你可以通过XenaHub()获取资源，通过参数筛选感兴趣的数据集。例如，指定hostName搜索TCGA相关数据，你会看到1629个选项，这时可以利用XenaFilter()进行筛选。数据下载过程包括构建query对象，存放下载信息，然后调用XenaDownload()函数。数据默认...
@DongqiangZeng0808 The UCSCXenaTools has been updated to match the recent update of UCSC Xena data hubs. Some of the content on the page https://iobr.github.io/book/rna-data-preprocessing.html#download-rnaseq-data-using-ucscxenatools nee...
R包UCSCXenaTools允许生信工程师在R环境中一次性链接XENA浏览器，访问全部数据集。安装包非常简单，核心功能包括generate、filter、query、download和prepare等。此包包含XenaGenerate、XenaFilter、XenaQuery、XenaDownload和XenaPrepare五个函数，支持多种数据集，提供临床、基因表达、甲基化、点突变和拷贝数变异...
##' @seealso [UCSCXenaTools::XenaHub()] ##' @export xena_default_hosts <- function() { c( "https://ucscpublic.xenahubs.net", "https://tcga.xenahubs.net", "https://gdc.xenahubs.net", "https://icgc.xenahubs.net", "https://toil.xenahubs.net", ...
1. UCSCXenaTools安装极其简单: 2. 加载该包: 可以看到,这里它还提供了github的地址,以及如果用这个包,如何在文章中引用。 3.使用XenaHub()可以获取所有的资源,另外可以通过参数指定感兴趣的,包括hosts,cohorts以及datasets。结果返回一个XenaHub对象。Hosts函数:Get hosts of XenaHub object;Cohorts函数:Get cohort...
Abstract 2584: The UCSC Xena system for cancer genomics data visualization and interpretation The UCSC Xena platform (http://xena.ucsc.edu/) allows biologists and bioinformaticians to securely analyze and visualize their private functional genomics data in the context of public genomic and clinical ...
Currently, UCSCXenaTools supports the following data hubs of UCSC Xena. UCSC Public Hub: https://ucscpublic.xenahubs.net/ TCGA Hub: https://tcga.xenahubs.net/ GDC Xena Hub: https://gdc.xenahubs.net/ ICGC Xena Hub: https://icgc.xenahubs.net/ Pan-Cancer Atlas Hub: https://pan...