UCSC Table Browser可从基因组数据库(如refseq、ensemble等)下载数据,用户输入表格参数后,点击提交既可以批量得到所需要的基因bed文件和转录本序列等。本文将通过实际例子介绍怎么通过UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列。 进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进...
),点击菜单栏上的Tools -> LiftOver进入LiftOver页面其中主要的参数说明如下: Original Genome: 原始的物种基因组,有很多物种(human, mouse, dog等),这里选择Human; Original Assembly: 原始物种的基因组版本,根据需求选择,这里选择CRCh37/hg19; New Genome: 新的要转换的物种基因组,根据需求选择,这里选择Human; ...
这个UCSCXenaTools包自带了一个表格,是XenaData,可以看到: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(UCSCXenaTools)data(XenaData)>dim(XenaData)[1]167517>as.data.frame(tail(sort(table(XenaData$XenaCohorts)))Var1 Freq1TCGARectalCancer(READ)252PCAWG(donor centric)263TCGAEndometrioidCan...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> LiftOver进入LiftOver页面 其中主要的参数说明如下: Original Genome: 原始的物种基因组,有很多物种(human, mouse, dog等),这里选择Human; Original Assembly: 原始物种的基因组版本,根据需求选择,这里选择CRCh37/hg19; New Genome: 新的要转换的物...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
在使用UCSCXenaTools进行生存分析时,如何定义生存时间和状态变量? The UCSC Xena platform provides an unprecedented resource for public omics data from big projects like The Cancer Genome Atlas (TCGA), however, it is hard for users to incorporate multiple datasets or data types, integrate the selected...
安装与使用安装UCSCXenaTools非常简单，只需调用相应包。加载包后，你可以通过XenaHub()获取资源，通过参数筛选感兴趣的数据集。例如，指定hostName搜索TCGA相关数据，你会看到1629个选项，这时可以利用XenaFilter()进行筛选。数据下载过程包括构建query对象，存放下载信息，然后调用XenaDownload()函数。数据默认...
1.Sequence and Links to Tools and Databases(与其他数据库的关联) 2.Comments and Description Text from UniProtKB(Uniprot网站信息) 3.MalaCards Disease Associations(基因与疾病的联系) 4.Comparative Toxicogenomics Database (CTD,基因与药物/化合物的联系) ...
2.选择Tools中的“Table Browser”则出现以下界面,以人的CCKBR基因为例。 首先,在clade中选择Mammal,genome中选择Human,assmebly中选择最新的数据库,track中选择RefSeq Genes,output format中选择sequence。 其次,在position后面的方框内输入待查的基因名称,如CCKB...
1.Sequence and Links to Tools and Databases(与其他数据库的关联) 2.Comments and Description Text from UniProtKB(Uniprot网站信息) 3.MalaCards Disease Associations(基因与疾病的联系) 4.Comparative Toxicogenomics Database (CTD,基因与药物/化合物的联系) ...