网页版LiftOver使用介绍进入UCSC主页(genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> LiftOver进入LiftOver页面其中主要的参数说明如下: Original Genome: 原始的物种基因组,有很多物种(human, mouse, dog等),这里选择Human; Original Assembly: 原始物种的基因组版本,根据需求选择,这里选择CRCh37/hg19; New Genome: 新的...
在使用UCSCXenaTools进行生存分析时,如何定义生存时间和状态变量? The UCSC Xena platform provides an unprecedented resource for public omics data from big projects like The Cancer Genome Atlas (TCGA), however, it is hard for users to incorporate multiple datasets or data types, integrate the selected...
如果你想将这段区域内的所有基因都展现出来,点击上方工具栏的tools>table browser>选择position和select fieldsfrom primary and related tables,点击get output,之后你可以根据需要,选择需要输出的基因信息,点击get output,就可以了: 但是这样的输出结果会包括一个基因的多个转录本,如果你觉得重复的话,可以在前面的table...
做生信分析的小伙伴儿都知道,很多分析绘图过程需要使用bed.文件,就想问这里是否能直接下载呢?那就来试试TableBrowser吧,以GM12878细胞1号染色体的96,140,169-96,345,440这段DNA序列上H3K27ac的bed.为例,首先在Tools中找到TableBrowser点击进入进行设置和查找信息,选定文件格式,输出即可获得对应文件。 结果示例: 其...
1. UCSCXenaTools安装极其简单: 2. 加载该包: 可以看到,这里它还提供了github的地址,以及如果用这个包,如何在文章中引用。 3.使用XenaHub()可以获取所有的资源,另外可以通过参数指定感兴趣的,包括hosts,cohorts以及datasets。结果返回一个XenaHub对象。Hosts函数:Get hosts of XenaHub object;Cohorts函数:Get cohort...
FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ ) 搜索通过5UTR 定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(first splicing donor site) ,结合CpG 岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的...
FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ )搜索通过5 UTR定位技术构建的第一外显子数据库,识 别第一剪切点 (first splicing donor site) ,结合 CpG 岛信息 ,确定启动子区。 这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含 CpG 岛 的启动子的敏感性和特异性都高于 90 % ,预测...
UCSC-Xena Tools是基于UCSC Xena平台的R包，它建立在XenaR包基础上，后者提供了简便的接口来获取包括GDC、TCGA、ICGC等众多数据库的标准化数据，尤其TCGA（hg19版本）的数据经过精心处理。但鉴于其四年未更新，UCSCXenaTools应运而生，提供了更强大的功能。安装与使用安装UCSCXenaTools非常简单，只需调用相应...
:通过'View→PDF/PNG'保存当前视图,或使用'Tools→Table Browser'批量下载区域数据 该平台通过持续更新基因组版本(如人类基因组从hg19迭代至hg38)和新增功能模块(如CRISPR/Cas9靶点预测工具),保持对前沿研究的支撑能力。对于初次使用者,官网提供的视频教程和FAQ文档可快速掌握基础操作,...
FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ )搜索通过5' UTR定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点first splicing donor site),结合CpG岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序 预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动...