这个UCSCXenaTools包自带了一个表格,是XenaData,可以看到: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 library(UCSCXenaTools)data(XenaData)>dim(XenaData)[1]167517>as.data.frame(tail(sort(table(XenaData$XenaCohorts)))Var1 Freq1TCGARectalCancer(READ)252PCAWG(donor centric)263TCGAEndometrioidCan...
特别是TCGA(hg19版本)的一部分数据UCSC做了非常好的标准化处理,但是有将近四年没有更新,UCSCXenaTools便是在此基础上开发出来的 1. UCSCXenaTools安装极其简单: 2. 加载该包: 可以看到,这里它还提供了github的地址,以及如果用这个包,如何在文章中引用。 3.使用XenaHub()可以获取所有的资源,另外可以通过参数指定...
install.packages("UCSCXenaTools") 从GitHub安装开发版本: 代码语言:javascript 复制 # install.packages("remotes")remotes::install_github("ropensci/UCSCXenaTools") 如果你想要确保在本地构建好包文档,请添加额外两个选项: 代码语言:javascript 复制 remotes::install_github("ropensci/UCSCXenaTools",build_vig...
: 安装方式非常简单: install.packages('UCSCXenaTools') 它的核心步骤是5个generate,filter,query,downloadandprepare,对应的函数是:XenaGenerate,XenaFilter,XenaQuery,XenaDownloadandXenaPrepare 支持的数据集 这个UCSCXenaTools包自带了一个表格,是XenaData,可以看到: library(UCSCXenaTools) data(XenaData) > dim(...
安装 从CRAN 安装稳定版本: install.packages("UCSCXenaTools") 从GitHub 安装开发版本: # install.packages("remotes") remotes::install_github("ropensci/UCSCXenaTools") 如果你想要确保在本地构建好包文档,请添加额外两个选项: remotes::install_github("ropensci/UCSCXenaTools", build_vignettes =TRUE, de...
安装与使用安装UCSCXenaTools非常简单，只需调用相应包。加载包后，你可以通过XenaHub()获取资源，通过参数筛选感兴趣的数据集。例如，指定hostName搜索TCGA相关数据，你会看到1629个选项，这时可以利用XenaFilter()进行筛选。数据下载过程包括构建query对象，存放下载信息，然后调用XenaDownload()函数。数据默认...
UCSCXenaTools 提供了下载 UCSC Xena 平台数据的 R 客户端,为官方文档 https://ucsc-xena.gitbook.io/project/overview-of-features/download-data 所推荐。 安装 从CRAN 安装稳定版本:install.packages("UCSCXenaTools") 从GitHub 安装开发版本:# install.packages("remotes")remotes::install_github("ropensci/UC...
UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件,方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑,操作如下: 具体Trackhub的配置和UCSC genomebrowser的本地安装见原文链接http://blog.genesino.com/2013/04/install-ucsc-locally/。
FirstEF ( http :/ / rulai1cshl1org/ tools/ FirstEF/ )搜索通过5' UTR定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点first splicing donor site),结合CpG岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序 预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90 % ,预测不含CpG岛的启动...
R包UCSCXenaTools允许生信工程师在R环境中一次性链接XENA浏览器，访问全部数据集。安装包非常简单，核心功能包括generate、filter、query、download和prepare等。此包包含XenaGenerate、XenaFilter、XenaQuery、XenaDownload和XenaPrepare五个函数，支持多种数据集，提供临床、基因表达、甲基化、点突变和拷贝数变异...