常用网站介绍｜基因宝库之UCSC篇（二）上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息，本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库，显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因，与RefSeq相比，该基因集的蛋白质编码基因通常...
15、RepeatMasker：由Arian Smit的RepeatMasker程序创建，该程序可以筛选DNA序列中的散在重复序列和低复杂度的DNA序列，输出查询序列中出现的重复序列的详细注释。三、track管理 从上至下分别为：比对和序列、基因和基因预测、表型和相关文献、人类泛基因组、单细胞RNA序列、mRNA和EST（序列标签位点）、基因表达、基因调控...
15、RepeatMasker:由Arian Smit的RepeatMasker程序创建,该程序可以筛选DNA序列中的散在重复序列和低复杂度的DNA序列,输出查询序列中出现的重复序列的详细注释。 三、track管理 从上至下分别为:比对和序列、基因和基因预测、表型和相关文献、人类泛基因组、单细胞RNA序列、mRNA和EST(序列标签位点)、基因表达、基因调控、...
可通过基因详情界面下方track或UCSC Genes Track settings界面设置需显示的信息。 Label:选择需要显示的特征或ID。 Show:选择需要显示的数据集。 Color track by codons:密码子着色功能,能够快速查找和比较基因组特征和注释,需要将display mode修改成“squish”、“squish”或“full”查看。 亮绿色:甲硫氨酸,包括起始密...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正区域的修复补丁序列。
1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正区域的修复补丁序列。
此处以“人POMC”基因为例,首先在物种版块选择human,版本版块会自动更改为对应版本,目前人类基因共更新了六个版本,可根据需求选择不同时期的版本,目前通常使用hg38版本,最后输入基因名称进入详情界面,该界面大致分为三个版块:1、检索查询;2、可视化界面;3、track管理(图4)。
此处以“人POMC”基因为例,首先在物种版块选择human,版本版块会自动更改为对应版本,目前人类基因共更新了六个版本,可根据需求选择不同时期的版本,目前通常使用hg38版本,最后输入基因名称进入详情界面,该界面大致分为三个版块:1、检索查询;2、可视化界面;3、track管理(图4)。
上期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行了详细介绍,本期将介绍如何利用UCSC获取基因转录本信息并查找与启动子结合的转录因子。 首先搜索目的基因进入详情界面,图1方框内容选中后单击出现图2页面,最上方为基因基本信息和功能描述,整个界面内容见Page Index表格,一共包含以下13项信息: 1.Sequence a...