常用网站介绍｜基因宝库之UCSC篇（二）上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息，本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库，显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因，与RefSeq相比，该基因集的蛋白质编码基因通常...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和t… 汉恒生物 SCI-HUB最近能用的网址都汇总在这里了! 谁说免费的就是最贵的?免费的才是最爽的,好不好?SCI-HUB▲ 最新能用...
此处以“人POMC”基因为例，首先在物种版块选择human，版本版块会自动更改为对应版本，目前人类基因共更新了六个版本，可根据需求选择不同时期的版本，目前通常使用hg38版本，最后输入基因名称进入详情界面，该界面大致分为三个版块：1、检索查询；2、可视化界面；3、track管理（图4）。一、检索查询 1、基因组版本。2...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
二、可视化界面 图6 1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正...
UCSC提供的Genome Browser工具非常好用,可以很方便的浏览我们的测序数据在参考基因组的比对情况,由于定义好了一系列track的文件格式,用户可以非常方便的上传自己的track文件,但是如果用户超过48小时没有浏览自己的数据,UCSC会默认删除掉这些数据,除非用户已经保存在session里面。或者用户可以分享这些自定义的reads示踪文件custo...
此处以“人POMC”基因为例,首先在物种版块选择human,版本版块会自动更改为对应版本,目前人类基因共更新了六个版本,可根据需求选择不同时期的版本,目前通常使用hg38版本,最后输入基因名称进入详情界面,该界面大致分为三个版块:1、检索查询;2、可视化界面;3、track管理(图4)。
上期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行了详细介绍,本期将介绍如何利用UCSC获取基因转录本信息并查找与启动子结合的转录因子。 首先搜索目的基因进入详情界面,图1方框内容选中后单击出现图2页面,最上方为基因基本信息和功能描述,整个界面内容见Page Index表格,一共包含以下13项信息: ...