15、RepeatMasker：由Arian Smit的RepeatMasker程序创建，该程序可以筛选DNA序列中的散在重复序列和低复杂度的DNA序列，输出查询序列中出现的重复序列的详细注释。三、track管理 从上至下分别为：比对和序列、基因和基因预测、表型和相关文献、人类泛基因组、单细胞RNA序列、mRNA和EST（序列标签位点）、基因表达、基因调控...
可通过基因详情界面下方track或UCSC Genes Track settings界面设置需显示的信息。Label：选择需要显示的特征或ID。Show：选择需要显示的数据集。亮绿色：甲硫氨酸，包括起始密码子 青色：剪接或截断的部分密码子 红色：终止密码子 黑色：错误内容 Show codon numbering：选择是否显示密码子编号。Display data as a density...
每个条形的高度代表组织中所有样品的中位表达水平,不同颜色对应不同器官组织。 4、ENCODE 对应Regulation。这条track显示了小鼠基因组候选顺式调控元件(cCREs)的ENCODE注册表。cCREs是ENCODE样本中具有代表性的DNA酶超敏位点的子集,包括组蛋白修饰(H3K4me3和H3K27ac)或CTCF结合位点。 红色:prom,启动子样特征 橙色:...
15、RepeatMasker:由Arian Smit的RepeatMasker程序创建,该程序可以筛选DNA序列中的散在重复序列和低复杂度的DNA序列,输出查询序列中出现的重复序列的详细注释。 三、track管理 从上至下分别为:比对和序列、基因和基因预测、表型和相关文献、人类泛基因组、单细胞RNA序列、mRNA和EST(序列标签位点)、基因表达、基因调控、...
1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正区域的修复补丁序列。
1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正区域的修复补丁序列。
1、可上下拖动更改顺序,一个灰色框对应一条track;单击右键可有针对每条track 的独立操作。 2、Base Position:基因基本信息,包括版本号、染色体定位等。 3、Fix Patches:参考基因组组装中固定补丁序列与主要染色体序列的比对。当参考基因组组装中的错误得到纠正时,基因组参考联盟(GRC)添加包含纠正区域的修复补丁序列。
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
上期主要介绍了UCSC目的基因界面展示的信息,本期将对可视化界面和track管理中的常用功能进行详细介绍。 1、GENCODE 对应Genes and Gene Predictions。集合了RefSeq、GenBank、CCDS、Rfam和tRNA数据库,显示蛋白质编码基因和非编码RNA基因,与RefSeq相比,该基因集的蛋白质编码基因通常多出约10%,非编码基因的数量约为其四倍...
下面这幅图里面的一些track的颜色,形状,注释,都是可以设置的,设置规则需要自己详细读说明书啦。 Step 4. Display your annotation track in the Genome Browser 重点就是上传自己的文件,步骤是: open the Genome Browserhome page,click the Genome Browser link in the top menu bar. ...