首先我们需要创建类似于这样的文件夹: Myhub/ -- genomes.txt -- hub.txt mm10/ -- trackDb.txt --Mydata.bw 在Myhub文件夹下,有genome.txt文件,hub.txt文件和mm10文件夹,mm10下游trackDb.txt文件和我们的基因组文件(bigwig, bed等)。 UCSC上的例子: genome.txt必须的内容(基因组版本和trackDb.txt的...
具体可以参考https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTrackHubHelp.html中的介绍; priority是优先级; color不加默认是黑色,仅支持RGB格式。 然后我们将hub.txt的链接拷贝到UCSC的页面中就可以了。 另外,我们也可以通过链接访问到,比如如下链接: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&hubUrl=htt...
上面是两个不同的trackDb(track数据库),分别对比到不同的基因组,而trackDb中写入有很多不同的对比到该基因组的hub track 最后编辑trackDb文件 代码语言:javascript 复制 1track dnaseSignal #在genome browser上显示的track名,必须独一无二2bigDataUrl dnaseSignal.bigWig #文件的url,默认在trackDb所在文件夹3shor...
track hub 是track 的收集,hub中的track在genome browser浏览页面中以蓝色显示。 首先在存放hub文件的文件夹下写一个hub文件,格式如下 1hub hub_name # hub的名称2shortLabel hub_short_label #hub的短标签,便于显示3longLabel hub_long_label #hub具体的标签4genomesFile genomes_filelist #要对比的基因组列表...
1. 构建UCSC hub track #首先看目录结构 /var/www/hub$ tree . ├── genomes.txt ├── hub.txt └── mm9 ├── ctcf1.bw ├── P3001.bw ├── ctcf2.bw ├── P3002.bw └── trackDb.txt #再看每个文件的内容 $cat genomes.txt ...
UCSC Track Hub可以方便加载多组高通量分析结果文件,并且可以使用Track overlay, 即不同的Track叠加到一起显示,方便比较。具体见测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser 1. 构建UCSC hub track #首先看目录结构 /var/www/hub$ tree . ├── genomes.txt ├── hub.txt └── mm9 ├── ctcf1.bw ...
如果想在UCSC genomebrowser中加载自己的Track,可以把自己处理的bam文件放在一个外部可以访问的服务器上,点击Add custom tracks 或Track hub 然后输入对应的访问网址就可以。 UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件,方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑,操作如下: 具体Trackhub的配置和UCSC genomebrowser的本地...
如果想在UCSC genomebrowser中加载自己的Track,可以把自己处理的bam文件放在一个外部可以访问的服务器上,点击Add custom tracks或Track hub然后输入对应的访问网址就可以。 UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件,方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑,操作如下: ...
1. 构建UCSC hub track #首先看目录结构 /var/www/hub$ tree . ├── genomes.txt ├── hub.txt └── mm9 ├── ctcf1.bw ├── P3001.bw ├── ctcf2.bw ├── P3002.bw └── trackDb.txt 1directory,7files #再看每个文件的内容 ...
如果想在UCSC genomebrowser中加载自己的Track,可以把自己处理的bam文件放在一个外部可以访问的服务器上,点击Add custom tracks 或Track hub 然后输入对应的访问网址就可以。 UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件,方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑,操作如下:...