进入GEPIA官网,点击Multiple Gene Analysis, 选择下面的Correlation Analysis,跳转到搜索页面。 将预测到的转录因子与基因输入到这两个框中,右侧可看到三个数据库,分别是TCGA Tumor(来自TCGA的肿瘤样本)、TCGA Normal(来自TCGA的正常样本)、GTEx数据库(来自GTEx的正常组织),可单选也可以多选,点击Plot进行分析,等待一会便...
也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。 UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此...
进入GEPIA官网,点击Multiple Gene Analysis, 选择下面的Correlation Analysis,跳转到搜索页面。 将预测到的转录因子与基因输入到这两个框中,右侧可看到三个数据库,分别是TCGA Tumor(来自TCGA的肿瘤样本)、TCGA Normal(来自TCGA的正常样本)、GTEx数据库(来自GTEx的正常组织),可单选也可以多选,点击Plot进行分析,等待一会便...
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。 小云今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机制。基于UCSC Xena下载的数据,利用R语言分析,对33...
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。小伙伴可以点击http://xena.ucsc.edu/去看看哟! 小塔今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机...
在提到UCSCXenaTools该包的时候,我们或许需要了解一下该包的前身XenaR包,这个包提供了一个简单的UCSC Xena接口,可以获取一些UCSC Xena存储的信息,包括GDC、TCGA、ICGC、GTEx、CCLE等数据库的上千个数据集。特别是TCGA(hg19版本)的一部分数据UCSC做了非常好的标准化处理,但是有将近四年没有更新,UCSCXenaTools便是在...
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与⼀体的新⼀代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进⾏了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合⽐较。1. 热图的⽅式可以进⾏单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的...
UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
Github 这个教程用于实现Tumor (TCGA)和Normal (GTEx)基因表达的比较 下载开发版本的R包 remotes::install_github("openbiox/XenaShiny") 注意更新所有的R包 运行 library(UCSCXenaShiny)app_run() 之后会在浏览器中出现Shiny的主界面 进入Modules中的Visualization ...
在提到UCSCXenaTools该包的时候,我们或许需要了解一下该包的前身XenaR包,这个包提供了一个简单的UCSC Xena接口,可以获取一些UCSC Xena存储的信息,包括GDC、TCGA、ICGC、GTEx、CCLE等数据库的上千个数据集。特别是TCGA(hg19版本)的一部分数据UCSC做了非常好的标准化处理,但是有将近四年没有更新,UCSCXenaTools便是在...