GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
这时候,我们就需要用到另一个数据库:GTEx。📚 TCGA数据库:主要专注于癌症研究,提供了大量的肿瘤数据。对于大多数癌症,TCGA都有肿瘤和正常组的完整数据。但对于一些特殊疾病,可能只保存了肿瘤分组数据。📊 GTEx数据库:专注于正常组织的研究,提供了大量正常组织的基因表达数据。如果你在TCGA数据库中找不到你需要的...
首先对GTEX的数据进行ID转换,首先将下载的压缩包进行解压,然后直接用脚本进行ID转换,注释文件为human.gtf,方法和我们之前对TCGA进行ID转换类似,通过命令提示符进行脚本的运行。运行结束后,会在文件夹中新生成一个GTExSymbol的文件。即转换后的文件。 由于GTEX是对所有的组织的样本进行的测序,所以我们需要提取对应的组织...
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
通常是直接去https://gtexportal.org/找到可以下载的数据集,如下: 其中,对我们来说最重要的就是 表达矩阵, 可以下载图中 gene read counts 这个496M的文件,表达矩阵里面的样本ID肯定是数据库组织者自定义的,所以我们还需要找到样本ID的注释信息。 更多的是关于这个数据库的网页使用介绍,我们生信工程师通常不需要,...
所以,今天就手把手教大家绘制符合SCI投稿要求的无限高清矢量图,并用于投稿。三步搞定。第一步是建立单栏或者双栏的画板;第二步是画图;第三步是保存或者导出为高清图片投稿,具体如下: 那其实,第二步是非常难的。但是对于没有想象力的初学者来说,一个线粒...
🔍 这时,就需要另一个数据库来补充:GTEx数据库。GTEx数据库可以为那些在TCGA数据库中找不到正常组织数据的小伙伴们提供帮助。将TCGA和GTEx数据库结合起来使用,简直是完美组合!📚 所以,当你在使用TCGA数据库时,如果发现缺少正常组数据,不妨试试GTEx数据库,它能为你的研究提供重要的补充信息。
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
TCGA GTEx数据联合分析流程 注意: TCGA的数据还是很粗犷的,得到什么DEG完全取决你怎么比; 得到靠谱DEG的前提:对比组选对了,样本量足够大,否则就是扯淡; 其实UCSC Xena已经把整合的数据整理好了,这里可以直接下载,省去了大量的curation的时间: A combined cohort of TCGA, TARGET and GTEx samples ...
图示:基因在肿瘤与正常组表达差异(TCGA联合GTEx分析)Figure:Differential gene expression between the tumor/normal group (TCGA-GTEx)说明:TCGA-LUAD联合GTEx正常组织数据集分析MKI67的表达差异。 方框的上端和下端表示值的四分位数范围。方框中的线表示中值。 Wilcoxon Rank Sum Tests比较两组之间的表达量统计学...