TCGA和GTEx的泛癌数据分析也是生信数据挖掘的必备技能,目前最好用的泛癌数据肯定是XENA网站上整理好的啦。我们直接下载用即可。而且XENA的数据估计短时间不会更新的,所以基本上是一次整理永久使用! 我把整理泛癌数据的代码也写成了一个函数getpancancer_xena(),并放到了easyTCGA包中,大家安装即可使用。 安装 详细信...
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。
TCGA GTEx数据联合分析流程 注意: TCGA的数据还是很粗犷的,得到什么DEG完全取决你怎么比; 得到靠谱DEG的前提:对比组选对了,样本量足够大,否则就是扯淡; 其实UCSC Xena已经把整合的数据整理好了,这里可以直接下载,省去了大量的curation的时间: A combined cohort of TCGA, TARGET and GTEx samples ...
TCGA联合GTEx数据挖掘 引言 在生物学研究领域,了解人类基因组的变异和表达差异对于理解疾病的发病机制和个体间的差异至关重要。TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目和GTEx(Genotype-Tissue Expression)项目是两个重要的公共数据库,它们提供了大量的基因组数据,帮助科学家们挖掘和解释这些数据以了解人类和疾病之间的关系。
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
图示:基因在肿瘤与正常组表达差异(TCGA联合GTEx分析)Figure:Differential gene expression between the tumor/normal group (TCGA-GTEx)说明:TCGA-LUAD联合GTEx正常组织数据集分析MKI67的表达差异。 方框的上端和下端表示值的四分位数范围。方框中的线表示中值。 Wilcoxon Rank Sum Tests比较两组之间的表达量统计学...
🔍 这时,就需要另一个数据库来补充:GTEx数据库。GTEx数据库可以为那些在TCGA数据库中找不到正常组织数据的小伙伴们提供帮助。将TCGA和GTEx数据库结合起来使用,简直是完美组合!📚 所以,当你在使用TCGA数据库时,如果发现缺少正常组数据,不妨试试GTEx数据库,它能为你的研究提供重要的补充信息。