GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于T...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于...
🔍 这时,就需要另一个数据库来补充:GTEx数据库。GTEx数据库可以为那些在TCGA数据库中找不到正常组织数据的小伙伴们提供帮助。将TCGA和GTEx数据库结合起来使用,简直是完美组合!📚 所以,当你在使用TCGA数据库时,如果发现缺少正常组数据,不妨试试GTEx数据库,它能为你的研究提供重要的补充信息。0 0 发表评论 发表...
📚 TCGA数据库:主要专注于癌症研究,提供了大量的肿瘤数据。对于大多数癌症,TCGA都有肿瘤和正常组的完整数据。但对于一些特殊疾病,可能只保存了肿瘤分组数据。📊 GTEx数据库:专注于正常组织的研究,提供了大量正常组织的基因表达数据。如果你在TCGA数据库中找不到你需要的正常组数据,不妨试试GTEx数据库。
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于...
SCI赏图录,是将SCI中的图表一个一个摘录出来,从分析解读到消化吸收,最后实操重现运用。今天我们解读的figure如下 这张图就是通过TCGA 和GTEx 数据库联合分析分析配对和非配对肿瘤样本的差异表达。需要一定的生…
方法: 为扩大正常样本量,采用GTEx的正常样本TPM表达量与TCGA肿瘤TPM表达量配对(来自于USCS Xena数据库中的tcga_RSEM_gene_tpm与 gtex_RSEM_gene_tpm数据集)。通过(x-μ)/σ按肿瘤将数据转化为无单位的Z-Score分值,使得数据标准统一化。Z-Score分值可以识别离群值,为预防离群值影响结果的准确性,如果z-score...
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表...
通常是直接去https://gtexportal.org/找到可以下载的数据集,如下: 其中,对我们来说最重要的就是 表达矩阵, 可以下载图中 gene read counts 这个496M的文件,表达矩阵里面的样本ID肯定是数据库组织者自定义的,所以我们还需要找到样本ID的注释信息。 更多的是关于这个数据库的网页使用介绍,我们生信工程师通常不需要,...