GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于T...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
题为“Landscape of X chromosome inactivation across human tissues”和“Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals”的论文,采用GTEx数据探讨了与基因表达相关联的基因变异如何能够调节RNA编辑和X染色体失活现象。 数据库内容介绍 通常是直接去 https://gtexportal.org/ 找到可以下载的数据集,如下:...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于T...
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表...
GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。由于...
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GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。
GTEx GTEx,全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是。TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据,而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序,所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。 这个数据集的用处呢,一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢,就是和TCGA联合使用。