根据预设的分类合并来自 TCGA 和 GTEX 数据集的相关样本,并将其表达数据和临床数据保存以供进一步分析。 实际上就是利用 tcga 项目和患病部位的对应关系添加上相应部位的 gtex 数据,需要注意的就是在 gtex 中实际部位和标注部位不一定一致,需要自行配置对应文件,本篇中使用的配置文件均放入reference文件夹。 篇外 插...
SCI赏图录,是将SCI中的图表一个一个摘录出来,从分析解读到消化吸收,最后实操重现运用。今天我们解读的figure如下 这张图就是通过TCGA 和GTEx 数据库联合分析分析配对和非配对肿瘤样本的差异表达。需要一定的生信基础。知友如果有需要,可以私信我免费帮助分析。 咱们先看图例 Expression of MCTS1 in breast cancer and...
策划的TCGA数据和BiocOncoTK R包；（vi）使用iClusterPlus R包或基于五种分子数据类型的签名表达分析确定...
在探讨癌症生物学特征的科学领域，TCGA和GTEx数据库的联合分析成为了揭示肿瘤差异表达的重要工具。本文将解析一张由这两大数据库共同提供的图表，以揭示乳腺癌中关键基因MCTS1的表达差异。该图表以TCGA和GTEx数据库中的乳腺癌样本与正常乳腺组织进行对比，着重展示了MCTS1基因的表达情况。在TCGA数据库中收集...
接下来，我们可以通过GTEx数据进行图形绘制，以可视化基因在不同组织中的表达情况。这包括绘制解剖图和箱型图，以展示TP53基因在各个组织中的表达差异。在差异分析部分，我们需要将合并后的数据用于检测基因表达的显著差异。差异分析的结果包括差异表达文件、差异基因表达值等，这些数据可以用于绘制热图，直观...
TCGA联合GTEx数据挖掘 引言 在生物学研究领域,了解人类基因组的变异和表达差异对于理解疾病的发病机制和个体间的差异至关重要。TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目和GTEx(Genotype-Tissue Expression)项目是两个重要的公共数据库,它们提供了大量的基因组数据,帮助科学家们挖掘和解释这些数据以了解人类和疾病之间的关系。
一、TCGA+GTEx数据库联合挖掘 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的。比如说乳腺癌,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 这个时候我们就需要想办法加大...
所以,今天就手把手教大家绘制符合SCI投稿要求的无限高清矢量图,并用于投稿。三步搞定。第一步是建立单栏或者双栏的画板;第二步是画图;第三步是保存或者导出为高清图片投稿,具体如下: 那其实,第二步是非常难的。但是对于没有想象力的初学者来说,一个线粒...
生信分析(18) 每日AI知识点(8) 机器学习(5) 数据库(2) R(1) 每日paper(1) 随笔档案 2025年4月(21) 2025年3月(12) 阅读排行榜 1. 加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA)(649) 2. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis(KEGG通...
①与GTEx数据库联合分析GTEx是一个包含正常人各种组织样本的数据库。通过与GTEx的联合分析，可以增加样本数量，从而提升差异分析的准确性。然而，简单地将TCGA的tumor样本与GTEx的normal样本进行合并，并进行差异分析，可能并不总是最佳策略。批次效应是一个潜在问题，即使有专门的解决代码，也不能完全避免其影响。②避免...