❝ 这里单独说的 TCGA 不太全面,实际包含了 TCGA TARGET GTEx 3 个数据库,它们是个体水平的数据。而 CCLE 是细胞水平数据。 ❞ 下载安装包 在国内我们统一推荐下载 Gitee 上的包: remotes::install_git("https://gitee.com/XenaShiny/UCSCXenaShiny") 如果你已经安装 CRAN 上的 UCSCXenaShiny,也需要进行...
#>More info about dataset please run following commands:#>library(UCSCXenaTools)#>XenaGenerate(subset=XenaDatasets=="TcgaTargetGtex_rsem_gene_tpm")%>%XenaBrowse() 这个返回结果的结构: 代码语言:javascript 复制 str(gene_expr)#>Listof2#>$ expression:Named num[1:19131]4.795.895.524.432.38...#>...
也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。 UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此...
在xena上面可以看到,TCGA和GTex、Target数据库的测序数据已经被重新计算整合到了一起,提供了各种格式的文件。 这里上游分析使用的是RSEM,而不是featurecout,导致得到的数据并不是标准的count值,是非整数。 1.RSEM 对应的差异分析包是EBSeq RSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization) 关于它的下游分析,官网建议使用...
UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等,不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。 数据集下载地址:https://xenabrowser.net/datapages/ ...
Public omics data from UCSC Xena are supported throughmultiple turn-key Xena Hubs, which are a collection of UCSC-hosted public databases such as TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE, and others. Databases are normalized so they can be combined, linked, filtered, explored and downloaded https://...
TCGA TARGET GTEx gene expression by UCSC TOIL RNA-seq recompute RSEM tpm (n=19,131) UCSC Toil RNAseq Recompute phenotype TCGA GTEX main categories (n=17,221) UCSC Toil RNAseq Recompute TCGA survival data (n=10,496) UCSC Toil RNAseq Recompute TCGA TARGET GTEX selected phenotypes (n=19...
UCSC Xena 功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。 热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。 对...
然后就是隆重出场的UCSC Xena了。UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与⼀体的新⼀代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进⾏了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合⽐较。1. 热图的⽅式可以进⾏单基因和多基因的...
https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20TARGET%20GTEx&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443 奇怪的点: UCSC Xena下载的TPM里居然有大量负数,扯淡了; 最终可以用这个替代:RSEM expected_count (DESeq2 standardized) ...