--paired:对于双端测序结果,一对reads中,如果有一个被剔除,那么另一个会被同样抛弃,而不管是否达到标准。 --retain_unpaired:对于双端测序结果,一对reads中,如果一个read达到标准,但是对应的另一个要被抛弃,达到标准的read会被单独保存为一个文件。 --gzip和--dont_gzip:清洗后的数据zip打包或者不打包。 --...
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基,
2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列) 第二步 对比前12-13bp的序列...
在软件的安装目录有一个名为trim_galore的可执行文件。 对于单端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 代码语言:javascript 复制 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC-a2AGATCGGAAGAGC--l...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore--quality20-aAGATCGGAAGAGC--length20-o out_dirinput.fq AI代码助手复制代码 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore--paired--quality20-aAGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC--length20-o out_dir R1.fq.gzR2.fq.gz ...
single-end模式下,可能双端测序的同一条read中有一条的length不合格,所以trim_galore会将其删除,结果是trim后的两个文件read数不一样。tophat认为双端测序文件的顺序是一一对应的,这样导致的后果是,tophat以为双端测序的两条readmapping到不同的位置上了,就会舍弃,导致mapping率低。
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 1. 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
对于单端测序数据,基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据,基本用法如下 trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz ...
1:先进行质控,在过滤接头之前修剪3端低质量碱基,移除reads中低质量部分 2:可以自动检测adapter,自动调用cutadapt 如果不提供接头序列,可以自动检测前100万个序列并找到相关测序标准接头的前12、13bp。 3:可以移除短序列,默认20bp,但是双端测序不建议。