2 trim_galore适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。 3 主要功能包括两步: 第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列) 第二步 对比前12-13bp的序列...
这里我用trim-galore去除低质量的reads和adaptor。 一.Trim Galore介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步: 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没...
## 需先安装fastqc和cutadaptwget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.4.5.tar.gz tar zxvf0.4.5.tar.gz 3.使用 # 处理双端测序结果 echo " trim_galore cut adapters started at $(date)" trim_galore -q 20 --phred33 --stringency 3 --length 20 -e 0.1 \ --paired $dir/cm...
Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS(Reduced Representation Bisul ite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步：首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter，程序会自动检测前1million的序列，然后对比前12...
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具...
config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单,总结下处理时遇到的问题 1 关于一次可以并行处理多少的问题 我从15个到20个到100个最后尝试几百个,同时处理,是可行的。但最佳是不要超过240个样本,这好像是我的服务器能处理的最大量。
Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera 和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步: 第一步首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter, 如果没有指定具体的adapter,程序会自动检测前1million的序列,然后对比前...
-paired # 用于分析双端测序数据结果;-o # 输出目录 因为是双端测序,16个样本每个都有_1和_2两个文件,可以写个脚本批量运行: 12345678 COPY #!/bin/bashfor i in `seq 194 209` do trim_galore -q 25 -phred33 -length 50 -stringency 3 -paired \ -o /media/sf_/example/data/clean_data \ ...
conda install trim-galore 二、trim-galore的用法 安装完成以后,可以使用trim_galore -help来查看软件的帮助文档。 1. 软件用法: 2. 常用参数: --quality:设定Phred quality score阈值,默认为20。分析时可改成25,稍微严格一些。 --phred33::选择-phred33或者-phred64,表示测序平台使用的Phred quality score。具...