其实如题,既然你的lncRNA功能这么强大,我们还可以找上游,找到调控它的TF和co-factors。下面就根据几种不同的预测数据及实验验证思路对我们的文章锦上添花。 1、首先,准备数据库。需要用到几个数据库,如NCBI、UCSC找启动子;PROMO找预测TF;The human protein atlas找蛋白定位;基于TCGA数据库的GEPIA找目的基因生存...
通过与mRNA共享共同的miRNA结合位点或引导miRNA降解,lncRNA通过与miRNA相互作用与miRNA靶基因(TF或非TF基因)竞争。尽管lncRNA在癌症中发挥重要作用,但它如何在复杂而动态的细胞系统中发挥调控作用仍是很大程度上的未知,特别是在泛癌症水平上。在这篇文章中,开发了一种分析策略来探索lncRNA、miRNA、TFs和基因之间的协同...
miRTarBase数据库特别的是有得到靶基因验证的microRNA。下图中3-7数据库的功能基本是进行靶基因预测,最后的ceRDB主要是ceRNA的数据库,可在其寻找microRNA,lncRNA和mRNA三者之间的关系。 4.TF的研究思路 最后来聊聊转录因子。怎么把转录因子研究出新意呢?转录因子调控基因转录,那我们是不是可以把转录因子和mRNA,micro...
An lncRNA can be regulated by different TFs, and such co-regulation among TFs and lncRNAs defines the TF-lncRNA network that underlie complex disease. In this study, we constructed a comprehensive GBM associated TF-lncRNA regulatory network (GTLN) by integrating the sequence specific TF-lncRNA...
调控网络基于pubmedmeshkegg等数据库将已经有文献报道数据挖掘以及数据库中的基因与基因mirnatflncrna的调控关系进行了整理组成了现有的调控网络 一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络–GCBI学院 在做基因研究的时候,有时是不是苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛...
通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 ...
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMAP/index.jsp 肿瘤类型和对应的lncRNA调控网络数量统计图示如下 通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 ...
此工具通过整合基因组广泛的转录调控与配对的lncRNA和基因表达谱,显示转录与其调节的靶基因以及lncRNA网络关系。对揭示人类癌症生物学机制有重要意义。 Here, we proposed an integrated framework-LncMAP (LncRNA Modulator Atlas in Pan-cancer), to systematic dissection of lncRNA mediated transcriptional regulations...
(transcription factors,TF)-miRNAmRNA调控机制和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-miRNA-mRNA调控机制.方法:整合了胰腺癌组织和正常组织的基因芯片表达数据来识别胰腺癌中差异表达的mRNA,miRNA与lncRNAs.其次结合StarBas数据库中miRNA-mRNA互相作用的实验数据——基于紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(cross...
Bioinformatics method to predict two regulation mechanism: TF-miRNA-mRNA and lncRNA-miRNA-mRNA in pancreatic cancer. Cell Biochem Biophys 2014; 70: 1849-1858.Ye S, Yang L, Zhao X, Song W, Wang W, Zheng S. Bioinformatics Method to Predict Two Regulation Mechanism: TF-miRNA-mRNA and lnc...