通过与mRNA共享共同的miRNA结合位点或引导miRNA降解,lncRNA通过与miRNA相互作用与miRNA靶基因(TF或非TF基因)竞争。尽管lncRNA在癌症中发挥重要作用,但它如何在复杂而动态的细胞系统中发挥调控作用仍是很大程度上的未知,特别是在泛癌症水平上。在这篇文章中,开发了一种分析策略来探索lncRNA、miRNA、TFs和基因之间的协同...
An lncRNA can be regulated by different TFs, and such co-regulation among TFs and lncRNAs defines the TF-lncRNA network that underlie complex disease. In this study, we constructed a comprehensive GBM associated TF-lncRNA regulatory network (GTLN) by integrating the sequence specific TF-lncRNA...
miRTarBase数据库特别的是有得到靶基因验证的microRNA。下图中3-7数据库的功能基本是进行靶基因预测,最后的ceRDB主要是ceRNA的数据库,可在其寻找microRNA,lncRNA和mRNA三者之间的关系。 4.TF的研究思路 最后来聊聊转录因子。怎么把转录因子研究出新意呢?转录因子调控基因转录,那我们是不是可以把转录因子和mRNA,micro...
撰写:小坚果 来源:小张聊科研平台的“i生信”公众号,微信公众号搜索“i生信”即可关注/扫描关注见文末 近几年长链非编码RNA(lncRNA)作为国自然申请方向中的一个火热的研究热点,通过各种数据库,芯片,二代测…
调控网络基于pubmedmeshkegg等数据库将已经有文献报道数据挖掘以及数据库中的基因与基因mirnatflncrna的调控关系进行了整理组成了现有的调控网络 一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络–GCBI学院 在做基因研究的时候,有时是不是苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛...
此工具通过整合基因组广泛的转录调控与配对的lncRNA和基因表达谱,显示转录与其调节的靶基因以及lncRNA网络关系。对揭示人类癌症生物学机制有重要意义。 Here, we proposed an integrated framework-LncMAP (LncRNA Modulator Atlas in Pan-cancer), to systematic dissection of lncRNA mediated transcriptional regulations...
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMAP/index.jsp 肿瘤类型和对应的lncRNA调控网络数量统计图示如下 通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 ...
通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 每一行代表一个lncRNA-TF-gene三角关系对,点击Network按钮,可以查看对应的网络图,示意如下 ...
http://bio-bigdata./LncMAP/index.jsp 肿瘤类型和对应的lncRNA调控网络数量统计图示如下 通过LncRNA-TF-Gene Tripet可以检索对应的调控网络,检索框如下所示 选择肿瘤类型,然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以,以PVT1这个lncRNA为例,检索结果如下 ...
lncRNAmRNAprognosisTFEmerging evidence has indicated that long noncoding RNA (lncRNA) plays crucial roles in regulating hepatocellular carcinoma (HCC) progression. However, a comprehensive lncRNA‐transcription factor (TF)﹎essage RNA (mRNA) in HCC remains absent. The aim of this study was to ...