相比于mRNA而言,lncRNA启动子缺乏转录因子(TF)结合位点,却富集了如GATA和FOS等特定的因子。lncRNAs和mRNAs之间的区别还在于剪接。LncRNAs的剪接效率较低,主要原因可能是u2af65结合度较低,剪接相关结构较弱。 LncRNAs可以与组蛋白修饰复合物...
从上述例子中可以看到,通过对单细胞mRNA和lncRNA的联合分析,M20可以获得比单细胞mRNA分析更为深入全面的信息,不仅能得到更为精细准确的细胞类型注释及亚群细分,还能从转录调控角度出发,挖掘具体生物学事件中lncRNA调控基因表达的潜在机制。 对于mRNA,科学家们已经研究多年,理解得较为透彻;但lncRNA相关的机制在许多领域中...
因此,TF活性的变化可以影响靶基因的转录。 3.3. 转录后调控 真核生物基因活性不仅可以通过转录方式进行调控,也可以通过RNA加工进行转录后调节,后一种调控机制是前体mRNA经历选择性剪接并作为竞争性内源RNA(ceRNA)。 3.3.1.调节mRNA剪接 选择性剪接是指通...
此时,首先要考虑的是附近100万bp内的基因表达是否有影响,有则为cis-顺式作用;反之,则为trans-反式调控基因,随后可依据RNA pulldown筛选出与lncRNA结合的蛋白进行相应研究即可。 一言以蔽之,就是在基因表达调节作用中,lncRNA在与染色质、转录因子或RBPs结合后,可以TF或RBPs的定位和/或活性调节附近或其远端多个基...
因此，应结合TF结合位点或染色质结构的现有信息，仔细评估目标lncRNA位点。在所有类型的突变分析中，表型分析应通过监测lncRNA基因座两侧蛋白质编码基因表达的变化来补充。特别是为了研究lncRNA的转运机制，（诱导）异位表达或人工miRNA技术可用于验证。功能lncRNA通常与DNA、RNA和蛋白质相互作用。用于研究RNA蛋白(如RIP和...
真核转录起始非常复杂,经常需要各种蛋白质因子如转录因子(TF)的协助,其与RNA聚合酶II形成转录起始复合物(TIC),然后参与转录起始过程。因此,TF活性的变化可以影响靶基因的转录。 3.3.转录后调控 真核生物基因活性不仅可以通过转录方式进行调控,也可以通过RNA加工进行转录后调节,后一种调控机制是前体mRNA经历选择性剪接并...
下图中3-7数据库的功能基本是进行靶基因预测,最后的ceRDB主要是ceRNA的数据库,可在其寻找microRNA,lncRNA和mRNA三者之间的关系。 4.TF的研究思路 最后来聊聊转录因子。怎么把转录因子研究出新意呢?转录因子调控基因转录,那我们是不是可以把转录因子和mRNA,microRNA及lncRNA相结合呢?利用前馈环,我们可以很好的构建...
03、海纳百川,转录因子(TF)亦可结盟 其次,lncRNA也可作为转录调节子而在核内发光发热。此时,首先要考虑的是附近100万bp内的基因表达是否有影响,有则为cis-顺式作用;反之,则为trans-反式调控基因,随后可依据RNA pulldown筛选出与lncRNA结合的蛋白进行相应研究即可。 一言以蔽之,就是在基因表达调节作用中,lncRNA...
(或AUUAAA)的RNA序列后,延伸复合体里面的转录终止因子CSTF (切割刺激因子,Cleavage stimulation factor)和CPSF (切割及多聚腺苷酸化特异因子,Cleavage and polyadenylation specificity factor)迅速与AAUAAA(或AUUAAA)结合,并在其之后11-50nt处切断RN...
当然,若是lncRNA能结盟于转录因子(TF),那么通过影响TF的定位和/或活性也能对基因转录表达产生影响。 结直肠癌细胞中lncRNA:PURPL与蛋白MYBBP1A相结合后,可阻止MYBBP1A-p53复合物组装,从而破坏了p53细胞池的稳定性并间接调节邻近基因转录。TH17淋巴细胞中...