而在ceRNA这种基因表达调控模式种,lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件(MREs),可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA水平的目的。一般当ceRNA表达沉默时,mRNA则在miRNA介导的沉默复合体(RISC)作用下降解;而当ceRNA表达激活后,可竞争结合RISC复合物,降低miRNA抑制功能,上调靶基因的表达量。 ceRNA调控基因表达的机制图 通...
Starbase可查询miRNA、LncRNA、mRNA相互调控和结合的预测,存储了大量的互作网络结合的miRNA,ceRNA的竞争结合,RNA蛋白结合等数据二、LncRNA与miRNA结合预测 长链非编码RNA(Long-noncodingRNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能. 近年来的研...
点击阅读往期精彩: NGS精进 | py基础 | py绘图 | perl基础 | R绘图 ❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞转录组测序简介「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细…
miRNA的功能主要是调控RNA的转录,通过结合mRNA导致基因沉默,即可以导致靶基因表达下调。 lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控中起着重要作用。 siRNA:一类约21~25nt的RNA分子,由Dicer(RNAaseⅢ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成,通过完全互补...
今天给大家介绍一种新型荧光原位杂交方法:π-FISH rainbow,该技术突破了现有技术壁垒,克服了传统FISH检测的缺陷和不足,能够精准检测到不同物种(动物、植物和病原微生物等)中各种类型RNA(mRNA 、lncRNA、miRNA等),具有杂交效率高、信号放大能力强、背景噪音低、特异性好、检测通量高、应用范围广等优势。
而在ceRNA这种基因表达调控模式种,lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件(MREs),可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA水平的目的。一般当ceRNA表达沉默时,mRNA则在miRNA介导的沉默复合体(RISC)作用下降解;而当ceRNA表达激活后,可竞争结合RISC复合物,降低miRNA抑制功能,上调靶基因的表达量。
lncRNA 可以作为竞争性内源 RNA(ceRNA)与其他蛋白质编码 RNA 转录物相互作用,包括转录因子(TF)和非TF基因.。在此把基因称为蛋白质编码基因,以便与非编码基因分开。通过与mRNA共享共同的miRNA结合位点或引导miRNA降解,lncRNA通过与miRNA相互作用与miRNA靶基因(TF或非TF基因)竞争。尽管lncRNA在癌症中发挥重要作用,但...
近来,首都医科大学北京安贞医院刘广志和杨亭亭研究团队在《Scientific Data》杂志上发表了题为“lncRNA, miRNA, and mRNA of plasma and tumor-derived exosomes of cardiac myxoma-related ischaemic stroke”的研究论文,该文章的第一作者是马琳博士,揭示了患者血浆和肿瘤组织来源外泌体中的长非编码RNA(lncRNA)、微小...
下面重点介绍一下microRNA常用的数据库,miRBase是基本库,做芯片和小RNA测序都会选其作为注释库。miRTarBase数据库特别的是有得到靶基因验证的microRNA。下图中3-7数据库的功能基本是进行靶基因预测,最后的ceRDB主要是ceRNA的数据库,可在其寻找microRNA,lncRNA和mRNA三者之间的关系。 4.TF的研究思路 最后来聊聊转录因...
lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3'-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的...