今天想带大家来学习 networkanalyst 这个网站的使用方法，那这个网站可以用来分析 TF -gene、 TF 与 miRNA ,gene-miRNA，protein-chemical 等等它们之间的相互作用。我们还是来先看一下文件里，那这个文件它就是用 networkanalyst分析了 TF -gene以及TF-mRNA，你会发现它这个下面有给到你它的筛选的一个数值是多少。
答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 TF是转录因子,调控转录产物的,可以是mRNA,也是非编码RNA(例如miRNA),也可是其他.miRNA也可以作用于mRNA,影响mRNA的表达.反正,应该是一个调控的网络. 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 任意miRNA可以与任意的mRNA的3'UTR区结合么 miRNA对植物和动物的mRNA...
2、 采用线性回归鉴定H19-TF-gene三联体 3、 limma-voom分析H19高低表达组,鉴定上下调miRNA,TF,gene。 4、 选择符合以下要求(1)H19(↓)——靶miRNA(↑)——靶tf或靶基因(↓);(2)H19(↑)——靶miRNA(↓)——靶tf或靶基因(↑)的三联体进行细胞实验验证。 结果: 1. H19在24种癌症中的表达水平分析...
TF是转录因子，调控转录产物的，可以是mRNA，也是非编码RNA（例如miRNA），也可是其他。miRNA也可以作用于mRNA，影响mRNA的表达。反正，应该是一个调控的网络。
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网络分析工具networkanalyst能有效分析TF-gene、TF-miRNA、gene-miRNA以及protein-chemical间的相互作用。通过参考文献中的设置参数，你可以定制分析。例如，它在文献中使用的默认值如ENCODE的single<500, score<1。对于大量节点和边的数据，你可以选择最小网络选项或者筛选degree，以突出重要网络部分。完成分析...
接下来按节点之间的互作关系分别研究 选择其中的一种互作关系 Interaction里边包含了互作的miRNA-gene对;ORA分析显示了显著富集GO term,KEGG等term的结果;最后是通过网络挖掘出的motif分析。 想学习更多,请关注云生信学生物信息学微信公众号。 生信小罗罗 最近更新:03-2808:15 简介:认真讲科研,认真讲故事 作者最新文章...
Detecting TF-miRNA-gene network based modules for 5hmC and 5mC brain samples: A intra- and inter-species case-study between human and rhesus. BMC Genet. 2018, 19, 9. [CrossRef] [PubMed]Sen S, et al. Detecting TF-MiRNA-Gene Network Based Modules for 5hmC and 5mC Brain Samples: A...
IGENEBOOK 八、ChIPBase v3.0 【物种】人、小鼠、果蝇、拟南芥和线虫 【网址】 https://rnasysu.com/chipbase3/index.php 【常用功能】 这个数据库涵盖内容非常广,目前3.0版本已囊括了5w+ChIP数据集,1.51亿个调控关系,并且包含了TF与RNA(mRNA、lncRNA、miRNA、其他ncRNA等)的相互作用。此外,增强子模块、Epilnter...
We studied regulatory roles of key TFs and miRNAs, and constructed a key miRNA-TF-gene regulatory network in SMs biosynthesis. These key miRNAs and TFs were considered to co-regulate the expression of the biosynthetic genes. These results would further explain where these SMs are distributed and...