BraTS-TCGA-LGG数据集为低级别胶质瘤(LGG)分割数据,由多模态(如T1、T1-Gd、T2、T2-FLAIR)磁共振成像(MRI)体积数据(NIfTI格式)组成。由65个病人数据,387个 images 组成,其中包括四种模态以及由GLISTRboost方法分割的标签和人工核对后的标签。 这个数据集包含了TCGA低级别胶质瘤(LGG)系列的术前多机构MRI扫描及其肿...
1.打开TCGA网站，输入需要下载的肿瘤类型 2.点击WXS后面的数字51 3.点击左上角File 4.选择WXS，Masked...
6.2.3 TCGA-LGG 6.2.4 TCGA-LUAD 6.2.5 TCGA-LUSC 6.2.6 分析 代码gitee地址 参考资料 1.目的 通过实际数据集上的编程实践,掌握高维数据常用的数据探索与可视化技术,观察和理解“维数灾难”问题的涵义、以及相似性度量和维归约的重要性。 2.数据 癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas Program, TCGA)数据库...
技术路线:通过TCGA数据库下载LGG的RNA-seq FPKM格式数据和临床数据→对差异基因进行互作分析,制作PPI网络图和相关性热图→对差异基因进行单/多因素Cox回归,制作森林图,利用风险评分筛选分子→对筛选出来的分子进行Lasso系数筛选,制作变量轨迹,利用风险评分再筛选一遍分子→对风险相关基因进行风险评估、生存分析和预后表现分...
Cond1type = "LGG", Cond2type = "GBM", fdr.cut = 0.01 , logFC.cut = 1, method = "glmLRT" ) edgeR包含许多分析的变体,其中glm方法较经典的方法更加灵活,而glm方法又包含两种检验方法:似然率检验和准似然率F检验,其中准似然率的方法适用于RNA-seq,似然率检验方法适用于单细胞RNA-seq和无生物学或...
1.打开TCGA网站，输入需要下载的肿瘤类型 2.点击WXS后面的数字51 3.点击左上角File 4.选择WXS，Masked...
数据来源:TCGA-LGG RNA-seq FPKM格式数据 技术路线:通过TCGA数据库下载LGG的RNA-seq FPKM格式数据和临床数据→对差异基因进行互作分析,制作PPI网络图和相关性热图→对差异基因进行单/多因素Cox回归,制作森林图,利用风险评分筛选分子→对筛选出来的分子进行Lasso系数筛选,制作变量轨迹,利用风险评分再筛选一遍分子→对风险...
LGG Low Grade Glioma 低级别胶质瘤 THCA Thyroid Cancer 甲状腺癌 LUSC Lung Squamous Cell Carcinoma 肺鳞状细胞癌 PRAD Prostate Adenocarcinoma 前列腺腺癌 SKCM Cutaneous Melanoma 皮肤黑色素瘤 COAD Colorectal Adenocarcinoma 结肠腺癌 OV Ovarian Cancer 卵巢癌 ...
lgg.gbm.subtype <- TCGAquery_subtype(tumor = "lgg") 这个PanCancerAtlas_subtypes 函数,会对目前有定论的七千多个肿瘤样品(TCGA数据库有超一万的肿瘤样品哦)返回其分子分型信息。如果一个癌症没有达成统一共识,就会从点突变,拷贝数,mRNA表达量,miRNA表达量,甲基化等多个角度进行分子分型,选择相对流行的分子分...
从TCGA 中下载 LGG 的临床数据,可得都来源于额叶、顶叶、颞叶和枕叶四个脑叶,也就是说都来源于大脑 (Cerebrum), 因此我们要找的也是 Cerebrum. GTEx Brain 的 13 个组织: 代码语言:txt AI代码解释 Brain - Amygdala 脑杏仁核(Amygdala)69 正常组织