如下：点击选中跳转到以下界面：可以看到SSM Affected Cases这项指标中就有这两个数据库中IDH突变的患者...
Cond1type = "LGG", Cond2type = "GBM", fdr.cut = 0.01 , logFC.cut = 1, method = "glmLRT" ) edgeR包含许多分析的变体,其中glm方法较经典的方法更加灵活,而glm方法又包含两种检验方法:似然率检验和准似然率F检验,其中准似然率的方法适用于RNA-seq,似然率检验方法适用于单细胞RNA-seq和无生物学或...
GBMGlioblastoma multiforme多形成性胶质细胞瘤 GBMLGGGlioma胶质瘤 HNSCHead and Neck squamous cell carcinoma头颈鳞状细胞癌 KICHKidney Chromophobe肾嫌色细胞癌 KIPANPan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP)混合肾癌 KIRCKidney renal clear cell carcinoma肾透明细胞癌 ...
g热图显示GBM和LGG中与年龄相关的突变。样品按年龄分类。颜色代表突变的类型。正确的注释图例指示随年龄变化,增加或减少突变的方向。样品的突变负担显示在热图上。表1提供了TCGA癌症类型首字母缩写词及其相关名称。 图5癌症患者年龄与致癌信...
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 ...
第三,最初使用突变(SKCM)或DNA甲基化(LGGGBM)对亚型进行分类的癌症队列,其顶级模型往往会选择相应数据类型的特征(图3B)。 第四,使用全基因组特征的汇总统计数据(如突变负荷、染色体不稳定性以及CpG岛甲基化表型(CIMP)定义的亚型(例如GEA和COADREAD),在我们使用的以单个基因为中心的特征训练方法中难以捕捉,因此生成...
BRCA 乳腺癌浸润癌 CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌 CHOL 胆管癌 COAD 结肠腺癌 DLBC 淋巴肿瘤弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 ESCA食管癌 GBM 多形性胶质母细胞瘤 HNSC 头颈部鳞状细胞癌 KICH肾嫌色剂 KIRC 肾肾透明细胞癌 KIRP 肾肾乳头状细胞癌 LAML 急性髓系白血病 LGG 脑低级胶质瘤 LIHC 肝细胞癌 ...
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 ...
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 GBMLGG Glioma 胶质瘤 HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell...
2.1TCGA数据库中筛选胶质瘤不同分级GBM和LGG转录组数据 GBM转录组数据筛选 TCGA数据库中收录了GBM病例共有617例,本研究通过如下设定进一步筛选数据:本研究通过如下设定进一步筛选数据:(1)Primary size: Brain;(2)Project: TCGA-GBM;(3)Disease Type: Gliomas;(4)Vital status: dead,alive,下载转录组HTSeq-Counts...