如下：点击选中跳转到以下界面：可以看到SSM Affected Cases这项指标中就有这两个数据库中IDH突变的患者...
Cond1type = "LGG", Cond2type = "GBM", fdr.cut = 0.01 , logFC.cut = 1, method = "glmLRT" ) edgeR包含许多分析的变体,其中glm方法较经典的方法更加灵活,而glm方法又包含两种检验方法:似然率检验和准似然率F检验,其中准似然率的方法适用于RNA-seq,似然率检验方法适用于单细胞RNA-seq和无生物学或...
KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 LGG brain lower grade glioma 脑低级别胶质瘤 LIHC liver hepatocellular carcinoma 肝细胞肝癌 LUAD lung adenocarcinoma 肺腺癌 LUSC lung squamous cell carcinoma ...
第三,最初使用突变(SKCM)或DNA甲基化(LGGGBM)对亚型进行分类的癌症队列,其顶级模型往往会选择相应数据类型的特征(图3B)。 第四,使用全基因组特征的汇总统计数据(如突变负荷、染色体不稳定性以及CpG岛甲基化表型(CIMP)定义的亚型(例如GEA和COADREAD),在我们使用的以单个基因为中心的特征训练方法中难以捕捉,因此生成...
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 GBMLGG Glioma 胶质瘤 HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell...
query.met <- GDCquery(project = c("TCGA-GBM","TCGA-LGG"), legacy = TRUE, data.category = "DNA methylation", platform = "Illumina Human Methylation 450")query <- GDCquery(project = "TCGA-ACC", data.category = "Copy number variation", legacy = TRUE, file.type = "hg19.seg", ...
提供了一种颜色代码来表示在年龄和基因突变之间存在关联的癌症类型。。g热图显示GBM和LGG中与年龄相关的突变。样品按年龄分类。颜色代表突变的类型。正确的注释图例指示随年龄变化,增加或减少突变的方向。样品的突变负担显示在热图上。表1提...
在经过 UCSC 处理 GTEx 中,Brain 分为 13 个组织 1148 个样本,但 GEPIA2 将他们分成了由 207+945=1152 两组,那么哪些是可以作为 LGG 或 GBM 的对照的呢? 从TCGA 中下载 LGG 的临床数据,可得都来源于额叶、顶叶、颞叶和枕叶四个脑叶,也就是说都来源于大脑 (Cerebrum), 因此我们要找的也是 Cerebrum. ...
结果:(1)GPR84在GBM中的表达显著高于LGG(p<0.001);(2)GPR84的高表达与脑胶质瘤高年龄组相关(p<0.001),在LGG、GBM中均具有统计学意义(LGG中 p<0.001,GBM 中p<0.05);(3)GPR84高表达的脑胶质瘤患者总生存期更低(p<0.001)。GPR84高表达与脑胶质瘤总生存期较低的关系独立于其与脑胶质瘤的病理分级的相关...
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 ...