"TCGA-GBM"]: dic[data[i]["submitter_id"]] = "Mutant" with open(mutant_path,"w") ...
lgg.gbm.subtype <- TCGAquery_subtype(tumor = "lgg") 这个PanCancerAtlas_subtypes 函数,会对目前有定论的七千多个肿瘤样品(TCGA数据库有超一万的肿瘤样品哦)返回其分子分型信息。如果一个癌症没有达成统一共识,就会从点突变,拷贝数,mRNA表达量,miRNA表达量,甲基化等多个角度进行分子分型,选择相对流行的分子分...
DLBC diffuse large B-cell lymphoma 弥漫性大B细胞淋巴瘤 ESCA esophageal carcinoma 食管癌 GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell ...
这些基因分为(1)甲基化和表达下调,(2)甲基化和表达下调,(3)甲基化和表达下调以及(4)-甲基化和表达上调。d小提琴图显示了LGG和BRCA中甲基化和基因表达之间的Pearson相关系数的分布。将基因分为(1)在age-DMG和age-DEG之间的共同基因...
第三,最初使用突变(SKCM)或DNA甲基化(LGGGBM)对亚型进行分类的癌症队列,其顶级模型往往会选择相应数据类型的特征(图3B)。 第四,使用全基因组特征的汇总统计数据(如突变负荷、染色体不稳定性以及CpG岛甲基化表型(CIMP)定义的亚型(例如GEA和COADREAD),在我们使用的以单个基因为中心的特征训练方法中难以捕捉,因此生成...
GBM glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 HNSC head & neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH kidney chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIRC kidney clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP kidney papillary cell carcinoma 肾乳头状细胞癌 LAML acute myeloid leukemia 急性髓细胞样白血病 ...
GBM 多形性胶质母细胞瘤 HNSC 头颈部鳞状细胞癌 KICH肾嫌色剂 KIRC 肾肾透明细胞癌 KIRP 肾肾乳头状细胞癌 LAML 急性髓系白血病 LGG 脑低级胶质瘤 LIHC 肝细胞癌 LUAD 肺腺癌 LUSC 肺鳞状细胞癌 MESO 间皮瘤 OV 卵巢浆液性囊腺癌 PAAD 胰腺癌 PCPG嗜铬细胞瘤和副神经节瘤 PRAD 前列腺癌 阅读...
GBM Glioblastoma multiforme 多形成性胶质细胞瘤 GBMLGG Glioma 胶质瘤 HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈鳞状细胞癌 KICH Kidney Chromophobe 肾嫌色细胞癌 KIPAN Pan-kidney cohort (KICH+KIRC+KIRP) 混合肾癌 KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾透明细胞癌 KIRP Kidney renal papillary cell...
>TCGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id[1]"TCGA-READ""TARGET-CCSK""TCGA-MESO""TCGA-CHOL"[5]"NCICCR-DLBCL""TARGET-WT""TCGA-TGCT""TCGA-PRAD"[9]"TCGA-LAML""TCGA-ESCA""TCGA-SARC""TCGA-ACC"[13]"TCGA-PAAD""TCGA-BLCA""TCGA-KICH""FM-AD"[17]"TCGA-LUSC""TCGA-THYM""TCGA-GBM"...
2.1TCGA数据库中筛选胶质瘤不同分级GBM和LGG转录组数据 GBM转录组数据筛选 TCGA数据库中收录了GBM病例共有617例,本研究通过如下设定进一步筛选数据:本研究通过如下设定进一步筛选数据:(1)Primary size: Brain;(2)Project: TCGA-GBM;(3)Disease Type: Gliomas;(4)Vital status: dead,alive,下载转录组HTSeq-Counts...