T-DNA可能随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变.用此方法诱导拟南芥产生突变体的过程如下:种植野生型拟南芥,待植株形成花蕾时,将地上部分浸入农杆菌(其中的T-DNA上带有抗除草剂基因)悬浮液中以实现转化.在适宜条件下培养,收获种子(称为T1代).
原理: T-DNA是农杆菌Ti质粒中的一段DNA序列,可以从农杆菌中转移并稳定整合到植物核基因组中。人们将目的基因插入到经过改造的T-DNA区,借助农杆菌的感染实现外源基因向植物细胞的转移与整合,获得转基因植物。除用于转基因以外,T-DNA插入到植物的基因中,基因由于发生碱基的插入或缺失而发生突变。
PCR方法为鉴定纯合突变体提供了有利手段。它利用三个引物LP、RP和BP,其中LP和RP是植物基因组上T-DNA插入位点两测的引物,BP是T-DNA区段上的引物。 经过PCR,在野生型植株,LP和RP这对引物扩增出分子量较大的产物(野生型基因,大带);在杂合突变体,LP和RP能扩增出分子量较大的产物(野生型基因,大带),另外BP和RP...
2.1 识别TDNA插入位点 2.2 TDNA插入位点注释 网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插...
一、t-DNA插入原理 t-DNA插入原理是指将来自农杆菌的具有植物感染活性的农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)或农杆菌样细菌(Agrobacterium rhizogenes)分泌出来的Ti质粒或Ri质粒中的t-DNA随机插入到植物基因中,从而导致基因的失活或突变。t-DNA(转移DNA)是一种由病原细菌通过T型四边形转移机制将其质粒中的特定DNA片段转...
为获知T-DNA插入位置,可用PCR技术进行扩增,应从下图选择的引物组合是( )53I IV一A基因片段→一T-DNA片段→一A基因片段→注:I、Ⅱ、ⅢI、IV为引物A.引物Ⅰ与引物ⅡB.引物Ⅰ与引物ⅢC.引物Ⅱ与引物ⅣD.引物Ⅲ与引物Ⅳ 2利用基因工程技术,将T-DNA片段插入到A基因中导致A基因突变,可获得突变体。为获知T...
为获得突变体,科研人员通常将T-DNA插入野生型个体的某些基因中(如图)。使用PCR技术确定T-DNA的插入位置,应选择的引物组合是( )A. 引物1和引物3B. 引物1和引物2C. 引物2和引物3D. 以上均不适合 3【题目】为获得突变体,科研人员通常将T-DNA插T-DNA引物2引物3S基因中的野部分序列引物1生注:完整的T-DNA...
高通量测序如何寻找T-DNA插入的位置 为了解基因组存在T-DNA插入时,即基因组构成为AC而样本基因组为ABC的情况得到的测序结果在序列比对的时候的可能情况,因此需要先要使用模拟数据进行探索。 第一步:构建参考序列和实际序列。这一部分会用到samtools,emboss和entrez-direct, 都可以通过conda安装...
使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的不带T-DNA插入的测序fastq文件,基因组fasta文件,TDNA fasta文件 python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples_2.fq.gz --genome Reference.fa --TDNA TDNA.fa --control_fastq control_s1_1.fq.gz,control_s1_2.fq.gz:control_s2_1.fq.gz,contro...
指示T-DNA插入成功：T-DNA载体上通常会携带一个报告基因，例如抗生素抗性基因（如nptII基因，赋予卡那...