网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
#提取比对上的reads的ID,根据ID从原始测序数据中提取这些reads cut -f1 $line.TDNA.sam |sort|uniq > $line.TDNA.ID seqtk subseq $read1 $line.TDNA.ID > ${line}_1.TDNA.fq seqtk subseq $read2 $line.TDNA.ID > ${line}_2.TDNA.fq #spades组装到contig水平,contigs.fasta即为最终结果 spade...
百度试题 题目7.如何确定拟南芥基因组T-DNA插入的位点?相关知识点: 试题来源: 解析反馈 收藏
如何确定拟南芥基因组tdna插入的位点 用t-dna特异性引物和基因组特异性引物进行PCR扩增后测序即可确定。 CDNA与基因组DNA有何区别? 一、来源不同CDNA:CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链 T-DNA可随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变。用... (1)顶芽 生长素...
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入突变体植物基因组DNA,选择T-DNA插入标签中...
T-DNA插入得到某一基因的突变体后，看文献上说不能得到其全长的转录物，只能获得插入位点前的转录物，...
(https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify) 是利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点的代码流程。 T-DNA 插入位点的信息对于功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定非常重要。但是目前常用的方法如反向 PCR、半随机引物 PCR 等,除了操作复杂、消耗时间长外,特异性较差,效率也很低。本T-DNA_Insertion...