网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
python2.7 T-LOC/T-LOC.py --bamR ref.bam --bamT tdna.bam --genome Reference_Sequence.fa --TDNA TDNA.fasta -o T-LOC 加入对照组 使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的不带T-DNA插入的测序fastq文件,基因组fasta文件,TDNA fasta文件 python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples...
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
spades.py --careful -1 ${line}_1.TDNA.fq -2 ${line}_2.TDNA.fq -o ${line}spades done 5、将contigs与载体序列blastn(图1),比对不上的序列再和植物基因组blastn(图2),即可找到插入位点。 图1 图2 精力有限,难免出错,转载请注明出处。有任何疑问,欢迎交流讨论。
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与 已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核 心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在 于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入 ...
百度试题 题目7.如何确定拟南芥基因组T-DNA插入的位点?相关知识点: 试题来源: 解析反馈 收藏
如何确定拟南芥基因组tdna插入的位点 用t-dna特异性引物和基因组特异性引物进行PCR扩增后测序即可确定。 CDNA与基因组DNA有何区别? 一、来源不同CDNA:CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链 T-DNA可随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变。用... (1)顶芽 生长素...
T-DNA插入位点的获得对于植物功能基因组学研究及转基因植物的筛选鉴定非常重要,但是目前常用的方法如反向PCR、半随机引物PCR等,除了操作复杂、消耗时间长外,特异性较差,效率也很低。本研究利用全基因组重测序技术,将3份转基因材料基因组DNA打包后进行重测序,利用转基因载体序列作为参考序列进行比对分析,得到4个T-DNA...