不同拟南芥生态型T-DNA插入位点分布有差异。光照条件可能影响T-DNA在拟南芥基因组的插入。温度变化或许对T-DNA插入位点选择有作用。土壤养分状况与T-DNA插入位点关系值得探究。拟南芥PDS3突变体在形态上有明显特征变化。PDS3突变体的叶片颜色与野生型存在差异。突变体的株高在生长过程中表现出独特趋势。研究PDS3突变体...
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
第四列:TDNA_info:tdna_ST和tdna_end代表插入参考基因组时截短的T-DNA序列的起始和结束位置。 第五列:Orientation:正向或反向插入参考基因组的TDNA 第六列:Freq:插入频率 2.2 TDNA插入位点注释 输入文件bed文件,参考基因组gff文件 python ../../tdnaAnnot.py -i 5.tdna_insertion.bed -f ref.gff3 -...
git clone https://github.com/sfli001/T-LOC.git cd T-LOC/ chmod -R 777 . ./T-LOC.py 2.T-LOC使用示例 github或test/T-LOC.sh里都有示例 输入文件:R1.fq,R2.fq,Reference.fa,TDNA.fa python2.7 T-LOC/T-LOC.py --fastq R1.fq.gzR2.fq.gz --genome Reference_Sequence.fa --TDNA...
解析 【解析】 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体T-DNA插人采用PCR法和Souhem法检测,用TAlL一 PCR扩增参试突变体T-DNA插入位点的侧露序列,用DNAstar软件分析取得的测序资料,分析$$ T - D N A $$ 边界曾切位点,通过与拟南茅基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入突变体植物基因组DNA,选择T-DNA插入标签中...
本文利用重测序技术建立了一种简单、可靠、高效的获取转基因植物T-DNA 插入位点的方法，以期为植物功能基因组学及转基因研究奠定基础。 关键词: T-DNA 插入位点；重测序技术；转基因植物 Identifying T-DNA insertion site(s) of transgenic plants by whole-genome resequencing Jiming Xu, Han Hu, Wenxuan Mao, ...
利用重测序技术获取转基因植物T-DNA插入位点-遗传.PDF,Hereditas (Beijing) 2018 年 8 月, 40(8): 676 ―682 技术与方法 利用重测序技术获取转基因植物T-DNA 插入位点 徐纪明,胡晗,毛文轩,毛传澡 浙江大学生命科学学院植物生物学研究所,杭州 310058 摘要 : T-DNA 插入位
如何确定拟南芥基因组tdna插入的位点 用t-dna特异性引物和基因组特异性引物进行PCR扩增后测序即可确定。 CDNA与基因组DNA有何区别? 一、来源不同CDNA:CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链 T-DNA可随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变。用... (1)顶芽 生长素...