网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
python2.7 T-LOC/T-LOC.py --bamR ref.bam --bamT tdna.bam --genome Reference_Sequence.fa --TDNA TDNA.fasta -o T-LOC 加入对照组 使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的不带T-DNA插入的测序fastq文件,基因组fasta文件,TDNA fasta文件 python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples...
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
解析 【解析】采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体T-DNA插人采用PCR法和Southem法检测,用TAILPCR扩增参试突变体T-DNA插入位点的侧翼序列,用DNAstmr软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
百度试题 题目7.如何确定拟南芥基因组T-DNA插入的位点?相关知识点: 试题来源: 解析反馈 收藏
回归正题,基因编辑过的作物会有载体序列插入到植物基因组中,确定T-DNA插入位点有重要用处,原理可以看一下这篇文章Illumina Sequencing Technology as a Method of Identifying T-DNA Insertion Loci in Activation-TaggedArabidopsis thalianaPlants。下面介绍我是如何完成这项工作的,有些内容比如软件安装和参数设置,网上已...
如何确定拟南芥基因组tdna插入的位点 用t-dna特异性引物和基因组特异性引物进行PCR扩增后测序即可确定。 CDNA与基因组DNA有何区别? 一、来源不同CDNA:CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA,是mRNA链 T-DNA可随机插入植物基因组内,导致被插入基因发生突变。用... (1)顶芽 生长素...
如何确定拟南芥基因组T-DNA插入位点。 答案:采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体T-DNA插入采用PCR法和Southern法检测,用TAIL-PCR扩增参试突变... 点击查看完整答案手机看题 你可能感兴趣的试题 问答题 反式作用因子的结构特点及其对基因表达的调控 答案:反式作用因子有两种独立的活性DNA结合结构域和激活结构域。 (...
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与 已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核 心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在 于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入 ...