确定拟南芥T-DNA插入位点的关键是通过分子生物学技术扩增并识别插入位点的侧翼基因组序列。具体方法分析如下: 1. **TAIL-PCR**:利用特异性引物(针对T-DNA边界)和简并随机引物,通过多轮PCR扩增侧翼序列,测序后比对基因组数据库定位插入位点。 2. **基因组步行法**:通过构建酶切连接文库或使用试剂盒,结合T-DNA特异性引物和基因
解析 答:确定拟南芥基因组T-DNA插入位点的试验操作如下: (1)提取拟南芥基因组; (2)PCR法和Southern法检测突变体T-DNA插入; (3)采用Tail-PCR方法扩增突变体T-DNA插入位点的侧翼序列; (4)DNAstar软件分析,得到相应的测序结果,分析T-DNA边界剪切位点,与拟南芥基因组数据库比对,确定T-DNA的插入位点。
网址:TDNAscan: A Software to Identify Complete and Truncated T-DNA Insertions github:GitHub - BCH-RC/TDNAscan TDNAscan可以用于识别完整的和Truncated(被截短的)TDNA插入位点。A型和B型软剪切阅读用于识别正向T-DNA插入。D型和E型软剪切阅读用于鉴定反向T-DNA插入,而C型和F型不一致阅读用于鉴定插入,但不鉴...
使用:带有T-DNA插入的测序fastq文件,作为对照的没有T-DNA插入的bam文件比对参考,基因组fasta文件,TDNA fasta文件 python T-LOC.py --fastq samples_1.fq.gz,samples_2.fq.gz --genome Reference.fa --TDNA TDNA.fa --control_bamR control_s1.sam,control_s2.sam --ouput outputfolder 结果文件:Bwa_...
T-DNA插入在基因序列中的位置tair链接:https://www.arabidopsis.org参考链接:【收藏】拟南芥种子订购详细攻略-TAIR-ABRC篇https://mp.weixin.qq.com/s/m5rRsKGUAExmXHn9Lodvpg, 视频播放量 5069、弹幕量 1、点赞数 93、投硬币枚数 40、收藏人数 153、转发人数 51, 视频作者
解析 【解析】 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体T-DNA插人采用PCR法和Souhem法检测,用TAlL一 PCR扩增参试突变体T-DNA插入位点的侧露序列,用DNAstar软件分析取得的测序资料,分析$$ T - D N A $$ 边界曾切位点,通过与拟南茅基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
解析 采用CTAB法提取拟南芥基因组,突变体 T-DNA插入采用 PCR 法和 Southem法检测,用TAIL-PCR 扩增参试突变体 T-DNA 插入位点的侧翼序列,用 DNAstar 软件分析取得的测序资料,分析T-DNA边界剪切位点,通过与拟南芥基因组数据库进行比对,即可确定T-DNA的插入位点。
优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤1)中提取基因组dna的方法为ctab法。 优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤2)中基因组dna片段化的方法为超声破碎法。 优选地,本发明所述的高效快速分离t-dna插入位点侧翼序列的方法中,所述步骤2)中dn...
1、本发明提供了一种鉴定转基因植物t-dna插入位点的方法,该方法操作简洁,产生的数据特异性和准确率高,且成本低。 2、具体技术方案如下: 3、本发明提供了一种鉴定转基因植物t-dna插入位点的方法,包括以下步骤: 4、(1)提取转基因植物的基因组dna; 5、(2)利用tn5转座酶对基因组dna进行切割,得到切割后的序列片段...
IPCR确定T-DNA突变体插入位点 IPCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。IPCR可用于研究与已知DNA区段相连接的未知染色体序列,这时选择的引物虽然与核心DNA区两末端序列互补,但两引物3’端是相互反向的,其目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA。先提取筛选后得到的T-DNA插入突变体植物基因组DNA,选择T-DNA插入标签中...