一、核心原理:同源建模法 SWISS-MODEL的核心技术依赖于同源建模原理,即利用进化相关的蛋白质具有相似结构的生物学规律。当输入目标蛋白质的氨基酸序列后,系统自动从PDB等数据库中检索结构已知的同源蛋白,通过序列比对和结构匹配,推断目标蛋白的三维构象。若存在高同源性模板(序列相似度>50...
2)打开SWISS-MODEL网站,创建一个新的project或者modeling (3)粘贴氨基酸序列;创建project名字;留下自己的邮箱;运作model。 一般耗时几分钟到半小时不等。运行成功后,所留下的邮箱会收到通知。 (4)得到一些model结果 GMQE :可信度范围为 0-1,值越大表明质量越好 QMEAN:区间-4-0,越接近0,评估待测蛋白与模板蛋白...
SwissModel是一款基于同源建模(Homology Modeling)的在线工具,主要用于预测蛋白质的三维结构。其操作方法可以分为以下几个步骤: 输入蛋白质序列:用户需要在SwissModel的主页(https://swissmodel.expasy.org/ )上点击“Start Modeling”,然后上传目标蛋白的FASTA序列。 搜索模板:系统会自动搜索与目标序列同源的已知结构作为...
(1)找到目标基因的氨基酸序列,这一步在上一篇推送中介绍了。 (2)打开SWISS-MODEL网站,创建一个新的project或者modeling (3)粘贴氨基酸序列;创建project名字;留下自己的邮箱;运作model。 一般耗时几分钟到半小时不等。运行成功后,所留下的邮箱会收到通知。 (4)得到一些model结果 GMQE :可信度范围为 0-1,值越大...
利用能量最小化原理,使待测蛋白质侧链基团 处于能量最小 的位置。最后提供给用户的是经过如上四步(或重复其中某几步)后得到的蛋白质三级结构。SWISS-MODEL 作模式SWISS-MODEK务器是以用户输入信息的最小化为目的设计的,即在最简单的情况下,用户仅提供一条目标蛋白的氨基酸序列。由于比较建模程序可以具有不同的...
SWISS-MODEL ⼯作原理 同源建模⽅法预测蛋⽩结构⼀般包含以下四步：1、模板选择；2、⽬标序列模板序列⽐对；3、构建模型；4、评价。不断重复如上步骤直到找到⼀个令⼈满意的模型。SWISS-MODEL开发了⼏套不同的建模技术。SWISS-MODEL的预测⽅法可以被描述为以α－螺旋和β－折叠为基础的"刚性⽚...
1、同源建模法:SWISS-MODEL 同源建模法(照猫画虎)使预测蛋白质三级结构的首选方法。其原理是基于相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构,通过找到合适的模板(关键)并进行序列比对,最终输出结构模型。 依照其它三个画出第四个的样子 ①同源建模法步骤流程: ...
Swiss-Model-山东大学课程中心.ppt,原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取:穿线法 Threading * 已知结构的蛋白质约10万,不同的结构拓扑1313。 原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取:穿线法 Threading
SWISS-MODEL网站地址:https://www.swissmodel.expasy.org/ 是一款用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件。 Step1:打开网址https://www.swissmodel.expasy.org/→Start Modelling IMAGE.png Step2: 输入目标氨基酸序列(非FASTA格式) → 点击Build Model(创建模型)。这里渐变颜色表示从N端到C端的氨基酸。