SWISS-MODEL是一款基于同源建模法的全自动在线工具,用于预测未知蛋白质的三维结构。它通过比对目标序列与已知结构的蛋白质序列,快速生
( 1 )比较建模法( comparative modeling method ) 比较建模法是基于知识的蛋白质结构预测方法,又称为同源结构预测,是根据大量已知的蛋白质三维结构来预测序列已知而结构未知的蛋白质结构。 按照目前的定义,若待模型构建蛋白质的序列与模板序列经比对( alignment )后的序列同源性( sequence identity )在 40% (也有...
Homology 、 UQANTA/CHARM 、 COMPOSER 、 CONSENSUS 、 MODELLER 和 Collar extension 等软件和方法可以用于目标蛋白结构模型的构建。 ③ 对模建结构基序优化和评估:同源结构模建(预测)得到的蛋白质结构模型,通常含有一些不合理的原子间接触,需要对模型进行分子力学和分子动力学优化,消除模型中不合理的接触。另外,模型...
SWISS-MODEL的官网地址:https://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html。蛋白质组学分析,包括蛋白质一级结构,二级结构,三级结构,亲疏水性,磷酸化位点,理化性质以及蛋白互作分析等。如果需要基因家族分析,转录组学分析,蛋白质组学分析,可将需求及分析对象发送至
1. 3D Structure model (1)利用Swiss-model网站在线对目的序列三级结构进行预测,提交后,下载生成的pdb文件。利用PDB数据库(http://www.rcsb.org/)下载同源序列的pdb文件。PDB数据库:点击Sequences,在新页面右侧粘贴同源蛋白的氨基酸序列。根据相似度结果下载得到pdb格式的同源序列结构文件。
4.利用能量最小化原理,使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。 最后提供给用户的是经过如上四步(或重复其中某几步)后得到的蛋白质三级结构。 SWISS-MODEL工作模式 SWISS-MODEL服务器是以用户输入信息的最小化为目的设计的,即在最简单的情况下,用户仅提供一条目标蛋白的氨基酸序列。由于比较建模程序可以具有不同...
蛋白质的三级结构是指整条多肽链的三维空间结构,也就是包括碳骨架和侧链在内的所有原子的空间排列。 分析蛋白质三级结构是根据已知蛋白质结构推测未知蛋白质结构。 预测蛋白质三级结构的首选方法是同源建模法(homolog modeling)。该方法基于原理:相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构。比如三个蛋白质,它们在序列水平...
打开SWISS-MODEL网站：http://swissmodel.expasy.org/，选择“Template Identification，提交蛋白质序列进行模板识别，如图所示，注意：邮箱必填，名称随便填写，序列粘贴过去就行，下面会有很多选项，建议不知道的不要乱动，直接提交（Sbumit）吧。这个东东跟BLAST差不多，你等它自动刷新吧，它会返回结果的，在结果页面...
白,SWISS-MODEL提供多聚模板的模式,用于多单体的蛋白质建模。这一模式弥补了简捷 模式中只能提交单个目标序列,不能同时预测两条及以上目标序列的蛋白三维结构的不 足。 GPCRmode(G蛋白偶联受体模式):是专门对7次跨膜G蛋白偶联受体的结构 预测。 SWISS-MODEL工作原理 ...
1、同源建模法:SWISS-MODEL 同源建模法(照猫画虎)使预测蛋白质三级结构的首选方法。其原理是基于相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构,通过找到合适的模板(关键)并进行序列比对,最终输出结构模型。 依照其它三个画出第四个的样子 ①同源建模法步骤流程: ...