SWISS-MODEL是一款用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件。SWISS-MODEL中一共有三个工作方式:First Approach mode:Alignment Interface mode:Project(Optimise)mode: 预测效果(使用范围) 如果目标序列与模板序列一致度极高,那么同源建模法是最准确的方法。 如果一致度能达到30%,那么模型的准确度就可以达到80%...
SWISS-MODEL ⼯作原理 同源建模⽅法预测蛋⽩结构⼀般包含以下四步：1、模板选择；2、⽬标序列模板序列⽐对；3、构建模型；4、评价。不断重复如上步骤直到找到⼀个令⼈满意的模型。SWISS-MODEL开发了⼏套不同的建模技术。SWISS-MODEL的预测⽅法可以被描述为以α－螺旋和β－折叠为基础的"刚性⽚...
swissmodel工作原理步骤1搜索合适的模板2检查序列与模板的匹配程度3启动promodii运算程序4promodii的运算结果5用gromos96得到能量最低状态firstapproachmoderegular简捷模式常规firstapproachmodewithuserdefinedtemplates简捷模式使用用户优化模板optimisemode优化模式步骤程序方法数据库结果1blastp2exnrl3d能找到靶序列与已知结构...
该方法基于原理：相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构。比如三个蛋白质，它们在序列水平上十分相似，解析出的结构也十分相似。第四个蛋白质的序列和前面三个也高度相似，那么就可以比着前三个结构的样子“画”出第四个的样子。所以同源建模法的关键就是找到一个好的模板。好的模板要求，在序列水平上模板（...
4.利用能量最小化原理，使待测蛋白质侧链基团处于能量最小的位置。最后提供给用户的是经过如上四步（或重复其中某几步）后得到的蛋白质三级结构。SWISS-MODEL工作模式 SWISS-MODEL服务器是以用户输入信息的最小化为目的设计的，即在最简单的情况下，用户仅提供一条目标 蛋白的氨基酸序列。由于比较建模程序可以具有不...
Swiss-Model-山东大学课程中心.ppt,原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取:穿线法 Threading * 已知结构的蛋白质约10万,不同的结构拓扑1313。 原理 –不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 计算方法获取:穿线法 Threading
打开SWISS-MODEL网站：http://swissmodel.expasy.org/，选择“Template Identification，提交蛋白质序列进行模板识别，如图所示，注意：邮箱必填，名称随便填写，序列粘贴过去就行，下面会有很多选项，建议不知道的不要乱动，直接提交（Sbumit）吧。这个东东跟BLAST差不多，你等它自动刷新吧，它会返回结果的，在结果页面...
1、swiss-model蛋白三维结构预测,LHCGR基因NM_000233,c.547GA,p.G183R,蛋白三维结构模型预测,比较建模法 比较建模又称同源建模,原理简单,是基于计划相关的序列具有相似的三维结构且进化过程中三维结构比序列保守的原理,利用计划相关模板结构信息建模。 基本步骤:1)将目标序列作为查询序列,在已知蛋白结构数据中搜索,确...
我用的是 SWISS-MODEL 同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测,其实这个方法是有限制条件的,不过作为一个选修课作业,我们不用深入探究,所以有时不够严谨,大家知道就行! 首先,同源建模的核心思想或者说是原理是:对于一个未知结构的蛋白质,找到一个已知结构的同源蛋白质,以该蛋白质的结构为模板,为未知结构的蛋白质...