该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
ballgown::geneNames(bg_chrX)[12] 12 "GTPBP6" >plot(fpkm[12,]~pheno_data$sex,border=c(1,2),main=paste(ballgown::geneNames(bg_chrX)[12],' : ',ballgown::transcriptNames(bg_chrX)[12]),pch=19,xlab="Sex",ylab='log2(FPKM+1)')>points(fpkm[12,]~jitter(as.numeric(pheno_data$s...
然而，在AUC-30指标方面，Cufflinks与Ballgown表现优于其他技术。总体而言，在ERCC基因方面，使用StringTie...
Ballgown ()是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 一、数据下载Linux系统下常用的下载工具是wget,但该工具是单线程下载,当使用它下载较大...
参考文献:Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown 流程示意图 图1 安装软件 HISAT2:将reads比对到基因组上 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip ...
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...
转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file: $ extract_splice_sites.py gemome.gtf >genome.ss#得到剪接位点信息...
HISAT, StringTie and Ballgown(一) 今天给大家分享一下nature protocol上8月11号刚发的转录组分析新流程HISAT, StringTie and Ballgown(查看原文可以看到)。至此tophat-cufflinks可以说拜拜了。 首先了解一下几个工具作用; HISAT:比对工具了,类似于昨天讲的tophat2; ...
Ballgown(https://github.com/alyssafrazee/ballgown)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。
一步一步教你做转录组分析(HISAT,StringTieandB allgown) 该分析流程主要根据2016年发表在NatureProtoco ls上的一篇名为Transcript-levelexpression analysisofRNA-seqexperimentswithHISA T,StringTieandBallgown的文章撰写的,主要用到 以下三个软件:HISAT()利用大量FM索引,以覆盖整个 基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因...