STRINGTIE是一种广泛用于RNA序列测定转录本组装和定量的工具。通过整合参考基因组信息和RNA测序读取数据,STRINGTIE可以生成精确的转录本注释,为研究基因表达和转录组的结构和功能提供宝贵信息。 STRINGTIE的工作原理 STRINGTIE的工作原理基于以下步骤: 读取比对:将RNA测序读取比对到参考基因组,识别来自每个转录本的读取。 图生...
As well as producing a more complete transcriptome assembly, StringTie runs faster on all data sets tested to date compared with other assembly software, including Cufflinks. 展开 关键词: ALGORITHMS MATHEMATICAL optimization CUFF links RNA sequencing RNA analysis ...
如果StringTie使用-A <gene_abund.tab>选项运行，则返回包含基因丰度的文件。如果StringTie与 -C <cov_refs.gtf> 选项一起运行（需要选项-G 如果StringTie与 -B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab...
Methods used to sequence the transcriptome often produce more than 200 million short sequences. We introduce StringTie, a computational method that applies a network flow algorithm originally developed in optimization theory, together with optionalde novoassembly, to assemble these complex data sets into...
IⅣ.一句多译1.他用一根绳子系住风筝,把它放了起来。① He raised the kitewitha piece a stringtiedtoit.(with复合结构
Using a network flow algorithm from optimization theory enables improved assembly of transcriptomes from RNA-seq reads. Methods used to sequence the transcriptome often produce more than 200 million short sequences. We introduce StringTie, a computationa
`StringTie`是一个用于构建和分析基因表达的软件包,它可以处理原始测序数据并生成基因表达矩阵。其中,FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)是一种常用的基因表达度量单位,用于比较不同样本或不同条件下的基因表达水平。 要从`StringTie`的输出中计算FPKM,你需要按照以下步骤进行: 1....
今天的内容增加了config文件 config文件主要用来指定文件的存贮路径 snakemake文件的内容 后面转录本定量的步骤还没有写完,好像还可以把差异表达分析的脚本嵌入...
StringTie2是一种用于基因组上的转录组组装和定量的软件工具,其定量原理基于RNA-seq数据的读数。 在转录组组装过程中,StringTie2首先将原始的RNA-seq读取映射到参考基因组上,以确定每个转录本的外显子区域和边界。通过将转录本的外显子信息与基因组注释文件进行比较,可以对转录本进行分类,以确定它们是否属于已知的基因...
比对到转录本,预测基因 cat id1|while read id do #hisat2-build 06/${id}.arrow.polish.fasta.masked index/${id} #hisat2 --dta -p 20 -x index/${id} -1 /public/home/lianglunping/work/HXM/RNA/input/HA798-normal-1A_1.fq.gz -2 /public/home/lianglunping/work/HXM/RNA/input/HA79...