-j <float> 连接点的覆盖度,即设置至少有这么多的spliced reads 比对到连接点(align across a junction)。 这个数字可以是分数, 因为有些reads可以比对到多个地方。 当一个read 比对到 n 个地方是,则此处连接点的覆盖度为1/n 。默认值为1。 -t 该参数禁止修剪组装的转录本的末端。默认情况下
Stringtie是一个基因和转录本组装定量的软件,stringtie的输入文件有两个,一个是经过排序的bam文件,排序可以用前面说到的samtools sort命令完成,还有一个是参考基因组的注释文件(gff或gtf格式)。 在使用Stringtie进行基因或者转录本组装定量的过程中,有一个非常重要的参数 - e,我之前跑了一遍流程没有加参数-e,结果组...
-A <gene_abund.tab> 输出基因丰度的文件(制表符分隔格式) -C <cov_refs.gtf> 输出所有转录本对应的reads覆盖度的文件,此处的转录本是指参考注释基因文件中提供的转录本。(需要参数 -G). -a <int> Junctions that don't have spliced reads that align across them with at least this amount of bases ...
-m<int># 设置预测的转录本所允许的最小长度.默认值为200-A<gene_abund.tab># 输出基因丰度的文件(制表符分隔格式)-C<cov_refs.gtf>#输出所有转录本对应的reads覆盖度的文件,此处的转录本是指参考注释基因文件中提供的转录本。(需要参数-G).-a<int># Junctions that don't have spliced reads that align...
如果StringTie使用-A <gene_abund.tab>选项运行，则返回包含基因丰度的文件。如果StringTie与 -C <cov_refs.gtf> 选项一起运行（需要选项-G 如果StringTie与 -B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab...
⽤法如下stringtie -p 10 -G hg19.gtf -o output.gtf -b ballgown_out_dir -e align.sorted.bam -G参数指定参考基因组的gtf⽂件，-o指定输出的⽂件，格式也为gtf, -b指定ballgown的输出结果⽬录，这个参数是为了⽅便下游进⾏ballgown差异分析，-e参数要求软件只输出已知转录本的定量结果。
将这些值代入FPKM公式中,可以计算出每个基因的FPKM值。 4.处理结果:将计算得到的FPKM值存储在数据框中,或者进行进一步的分析。 请注意,具体的命令和参数可能会根据`StringTie`的版本和使用的生物信息学工具包而有所不同。确保按照你使用的`StringTie`版本的官方文档进行操作,以获得最佳结果。
4、在运行stringtie之前,要对sam文件进行处理,主要分成两步,a.排序和转换成bam文件;b.修改HI标签。具体命令如下: a. ?? samtools view -bS *.sam > ${file%.sam}.bam samtools sort ${file%.sam}.bam ${output1%.bam}.sorted.bam b. samtools view -h *.sorted.bam | perl -ne 'if(/HI:i:(...
注意这里一定要设置-e参数! ls -d SRR*|while read id;do stringtie -e -A $id/$id'_gene_abund.tab' -C $id/$id'_cov_refs.gtf' -B -p 10 -G total_merged.gtf -o $id/$id'.merged.gtf' $id/$id'.sorted.bam' ;done 2、当不需要预测新型转录本时 ...
StringTie 使用说明:新版本更新之后去掉了一些参数 stringtie<input.bam..>[-G<guide_gff>] [-l<label>] [-o<out_gtf>] [-p<cpus>] [-v] [-a<min_anchor_len>] [-m<min_tlen>] [-j<min_anchor_cov>] [-f<min_iso>] [-C<coverage_file_name>] [-c<min_bundle_cov>] [-g<bdist>]...