Stereo-seq Stereo-seq，时空组学技术，2022年9月，由杭州华大生命科学研究院主导，联合3个国家的17家单位 研究团队基于时空组学技术Stereo-seq，完成了全球首个蝾螈脑再生时空图谱 。
这项技术就像为生命科学研究装上了"超清显微镜"和"GPS定位系统"的结合体,让我们能以前所未有的精度探索疾病的本质。 一、什么是Stereo-seq?用"细胞级地图"重新认识生命 想象一下,当我们观察一片森林时,传统方法只能看到整体植被覆盖率,而Stereo-seq可以精确到每棵树的品种、生长状态,甚至能标记每片叶子的具体位置...
研究团队利用Stereo-seq绘制了牙龈组织的高分辨率空间转录组图谱,并对上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞和免疫细胞等牙龈四种主要细胞类型进行可视化。进一步对牙龈上皮细胞的空间异质性进行了深度分析,通过聚类分析确定了牙龈上皮细胞的3个亚群,发现与正常牙龈组织相比,炎症牙龈组织基底层细胞增加。研究团队结合单细胞数据,还...
从信息维度层面,Stereo-seq可以在延续单细胞测序分析逻辑的同时加入空间坐标维度,能够实现整体和局部空间区域内多种细胞个体及个体之间的关联信息的解读。然而,空间组学的分子检测不以细胞为基本单元,空间转录组数据必须借助算法来生成细胞意义上的转录组信息。华大自主研发的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式细胞分割方案...
Stereo-seq技术是一种结合先进测序和成像技术的创新方法，旨在深入研究空间转录组学。以下是Stereo-seq的主要实施步骤及其背后的科学原理：核心步骤概览：组织样本制备：从目标组织切取薄片，通常选择厚度为10微米的冰冻切片。DNA Nanoball (DNB)构建：合成包含多个功能域的DNA寡核苷酸，这些域包括随机条形码序列、坐标标识...
在空间单细胞方面,Stereo-seq通过芯片试剂全面更新实现捕获性能提升;同时,通过华大自主研发的Workflow,实现图像质控、拼接、配准、细胞分割全自动化,实现了真正的自动化空间单细胞分析。 空间TCR/BCR富集 为加速时空组学技术在临床方向的应用,Stereo-seq开发了...
Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并...
转录物扩散噪声在SRT数据中普遍存在(Stereo-seq和10x Visium)。 SRT数据存在广泛的扩散,导致该基因原有的空间特异性丧失,无法对细胞聚集或细胞类型注释做出合理的判断。 在进行下游生物信息学分析之前,对SRT数据进行有效的去噪是必不可少的。 结果2、SpotGF对SRT数据去噪 ...
Stereo-seq（时空组学技术）的点中心距离小于10 μm，显示了其卓越的空间分辨率。不仅如此，Stereo-seq能够捕获几乎整个组织区域，如成年小鼠的大脑和E12.5小鼠胚胎，表明其广泛的捕获能力。此外，Stereo-seq在小鼠胚胎组织上展现出了出色的扩散控制性能，为研究者提供了准确可靠的数据基础。相比之下，Slide-seq V2受限...