单细胞空间联合分析的方法:RCTD 在肿瘤-基质边界积聚的大多数细胞类型是上皮/肿瘤细胞,其次是dMMR或pMMR中的成纤维细胞。 CD8_Teff、CD8_Tem、CD8_CXCL13、CD4_CXCL13、CD4_Treg、CD4_Tcm、cDC1和DC_LAMP3的免疫细胞亚群在naïve dMMR治疗中与pMMR相比,在肿瘤-基质边界内显示出显著的富集。 分析3、LAMP3+DC...
03、MP6和MP7表现出与TIME的明显相关性 MP7与MP8呈正相关(Pearson相关系数r=0.36,P<0.001),但与MP6呈负相关(Pearson's r = −0.40,P < 0.001;扩展数据图3b)。为了优先考虑与TIME相关的最相关的MP,研究者将每个MP的汇总表达(本征基因)值与从单个患者的scRNA-seq数据推断的TIME细胞百分比进行了关联。
# 引入自定义函数 source("/data/work/AD/bin/batch2/00.code/function.R") # 定义颜色向量 cols <- c(brewer.pal(9, "Set1"),brewer.pal(8,"Set2")[1:8],brewer.pal(12,"Paired")[1:12],brewer.pal(8,"Dark2")[1:8],brewer.pal(8,"Accent")) # 抑制加载包时的消息输出 suppressMessage...
dMMR的患者表现出无序的肿瘤-基质边界,伴随高水平的多种免疫细胞浸润,这种局部免疫细胞聚集可能增强抗肿瘤免疫反应,强化ICB疗效,而且这种空间结构可能具有跨癌种的生物学意义。相比之下,pMMR的患者在肿瘤-基质边界中具有清晰的屏障样结构,免疫细胞呈间断性聚集而无法进入肿瘤组织,导致ICB疗效不佳。此外,在dMMR群体中,...
2.R语言的Seurat分析Visium HD数据 第7节:Stereo-seq空转数据分析【Cell】源代码 1.Tissue Segmentation、Cell Correction分析 2.SpaTrack、PAGA、RNA Velocity分析 第8节:Cell2location采用贝叶斯层次框架--整合单细胞和空转数据--【Cell】...
2.R语言的Seurat分析Visium HD数据 第7节:Stereo-seq空转数据分析【Cell】源代码 1.Tissue Segmentation、Cell Correction分析 2.SpaTrack、PAGA、RNA Velocity分析 第8节:Cell2location采用贝叶斯层次框架--整合单细胞和空转数据--【Cell...
测序数据处理及三维时空转录组图谱重建 为重建果蝇的三维时空转录图谱,研究人员使用了 以下方法(图2D):区域对齐(PASTE algorithm10), 确定基因簇位置 (binning and processed using R Seurat11 and Python package),确定基因簇种类 (Python package scanpy12),基因种类统计分析, 绘制二维基因空间分布图谱,通过仿真方式...
目前已知的是,相比于错配修复系统完善型(proficient-mismatch repair,pMMR)结直肠癌(colorectal cancer,CRC),错配修复系统缺陷型(deficient-mismatch repair,dMMR)CRC对免疫检查点阻断(immune checkpoint blockade,ICB)治疗响应效果更好。 然而,只有15%的CRC患者存在dMMR,而超过80%的CRC患者对免疫疗法不敏感。海量基于...
5、[parsermd - R Markdown 提取器]( "parsermd - R Markdown 提取器") 方便对R Markdown文件进行编程控制。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 (rmd=parsermd::parse_rmd(system.file("minimal.Rmd",package="parsermd")))#>├──YAML[4lines]#>├── Heading[h1]-Setup ...
Folders and files Latest commit Cannot retrieve latest commit at this time. History1 Commit README.md Repository files navigation README StereoR StereoR: a R interface for Stereo-Seq analysis and visualization.About StereoR: a R interface for Stereo-Seq analysis and visualization. Resources Rea...