1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
sra文件 这个跟我们常见的 fastq文件并不一样,需要使用sratools的工具对其进行拆分 fastq-dump--split-3SRR893046-O fastq 除了fastq- dump 外,它还有个更快的版本。fasterq-dump可以使用,据说后者使用的是多线程,速度会快一些,但是依赖网络。 批量拆分数据 for i in `ls`; do fasterq-dump --split-3 $i -...
SRAtool的官方教程:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/08.-prefetch-and-fasterq-dump 准备 安装Toolkits 建议conda安装,命令如下。(兼容性还行,没必要新建环境) conda install -c biocon
在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心，选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官...
此外还有建立了GitHub Wiki提供使用教程,参见https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump。 重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行,默认是6个线程。 同时考虑到有些人容易着急,还提供了-p选项用于显示当前进度。 我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试...
安装SRA toolsLinux环境下按照以下步骤 下载SRA tools wget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centoslinux64.tar.gz" 解压 tar -xzf sratoolkit.current-centoslinu…
conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: (1)查找需要下载的SRA数据的访问号(Accession Number) (2)下载Accession List,会下载一个包含所有Run编号的文本文档 ...
官方教程链接: 02. Installing SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki · GitHub https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit 以CentOS为例: 下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit...
conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 我们已经多次介绍过conda细节了,这里就不再赘述。 conda管理生信软件一文就够 生信技能树B站软件安装视频 ...
SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq,但是这个软件不能多线程运行,随着测序数据越来越大,fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈(其实并不会:P,不过没有多线程就是不爽)。 不过sratools还有另一个软件fasterq,看名字就知道这个应该更快,那我们就测试一下吧!