# prefetch下载PRJNA1082127项目SRA格式序列数据,其下载结果和后续操作都与“prefetch PRJNA1082127”命令一致。 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt (4) 安装SRA Toolkit SRA Toolkit可以视为sra-tools的孪生兄弟,其二者的上述命令代码是一致的。SRA Toolkit的下载、
5 更改默认下载路径,按照操作就能更改。 6 找到要下载SRA文件的Accesio List,一般就是字母和数字组合。 7 下载数据 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt 8 转换为frastq格式 fastq-dump -I raw data\sra\SRR4343277.sra fastq-dump --split-files raw data\sra\SRR4343277.sra 参考资料 利用Sra-tools...
下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 1. image.png 下载的时候也可以指定数据类型 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595 1. 但是好像不管用,还是sra格式的数据 -...
(3)将光标移到[Save(6)]保存;[Exit(7)]退出。 4 数据下载: \bin目录下输入:prefetch后跟下载的数据,直接指定SRA数据的ID即可自动连接至数据库下载。注意此处默认数据最大值为20G,所以在prefetch后加上--max-size 100G,修改数据大小的上限; 例如:prefetch --max-size 100G SRR7881404 这样等着数据下载就可...
SRA Toolkit 的prefetch wget下载数据速度很慢,比较容易断。 wget -c 下载地址 保持断点下载 下载数据库 优先选择快速下载fq格式的数据,EBI数据库下载。 从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码,复制到本地服务器,可以直接运行。 cd ~/wes_cancer/project/1.raw_fq ...
从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码,复制到本地服务器,可以直接运行。 cd ~/wes_cancer/project/1.raw_fq ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR318/008/SRR3182418/SRR3182418_2.fastq.gz . ascp -...