网址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit prefetch下载
5 更改默认下载路径,按照操作就能更改。 6 找到要下载SRA文件的Accesio List,一般就是字母和数字组合。 7 下载数据 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt 8 转换为frastq格式 fastq-dump -I raw data\sra\SRR4343277.sra fastq-dump --split-files raw data\sra\SRR4343277.sra 参考资料 利用Sra-tools...
从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码,复制到本地服务器,可以直接运行。 cd ~/wes_cancer/project/1.raw_fq ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR318/008/SRR3182418/SRR3182418_2.fastq.gz . ascp -...
1. 下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 1. image.png 下载的时候也可以指定数据类型 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595 1. 但是好像不管用,还是sra格式的数据 ...
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...
SRA-tools的安装与SRA数据下载 下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装...
高通量数据库的数据,下载方法有三种:常规下载(wget,迅雷、IDM) aspera SRA Toolkit 的prefetch wget下载数据速度很慢,比较容易断。 wget -c 下载地址 保持断点下载下载数据库优先选择 快速下载fq格式的数据,EBI数据库下载。 从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码,复制到本地服务器,可以直接运行。