wget下载 wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz 解压-先不要设置环境变量,回到安装目录,执行./bin/vdb-config --interactive再使用即可
# 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
双击“path”点击 ”新建“,然后将sratoolkit文件夹路径复制即配置完成。 4.运行cmd,打开sratool文件夹里面的bin,复制路径并输入bin\prefetch.exe -h查看软件能否正常运行。一般情况下第一次安装都会报错,显示错误原因没有配置,按照提示来输入vdb-config --interactive出现配置界面,但是不需要改动,直接输入S,再按X退出。
安装 (rnaseq)root11:41:39~$ conda install-y sra-tools=2.10.7Collectingpackage metadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment:failed with initial frozen solve.Retryingwith flexible solve.Collectingpackage metadata(repodata.json):doneSolvingenvironment:done==>WARNING:Anewer version of conda exist...
## blast安装→blastp调用 ## trim-galore安装→trim_galore、cutadapt调用 ## ensembl-vep安装→vep调用 ## sra-tools安装→sratoolkit调用 # sra-tools不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 prefetch --help prefetch --help whichprefetch
在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 conda创建小环境
# 安装 fastqc 软件 conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc--help # 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools
激活scRNAseq环境,并安装一些必要的生物信息学工具:```bash conda activate scRNAseq conda install -y -c bioconda python=3.7.0 sra-tools conda install -y -c bioconda fastqc hisat2 samtools sambamba bedtools deeptools htseq gatk4 bwa star cutadapt trim-galore ...
安装软件 第一步:先从bioconda镜像查看软件名具体是什么?一个字母都不能错 第二步:conda install 软件名 第三步:成功调取软件帮助文档==确定安装成功 这里有点类似R包的安装,装后需要library()一下,才能确认安装成功 安装方法:conda install -y sra-tools trim-galore ...
安装软件 conda install -y sra-tools conda install -y trimmomatic conda install -y cutadapt multiqc conda install -y trim-galore conda install -y star hisat2 bowtie2 conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools conda install -y salmon ...