早期研究组织中细胞的功能会采用单细胞测序分析方法,如单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq等等。但是,在制备单细胞测序文库时,不可避免地要制备细胞悬液。这一过程会抹除原有组织中的空间信息,而在肿瘤和复杂组织(如脑组织)等的研究中,空间位置是研究细胞间相互作用和微环境所必需的。为了记录空间信息,人们相继开发出了...
FLS 用与 RA 相关的三种主要细胞因子——TNFα、IFNγ 和 IL-1β,单独或联合刺激——并使用 RNA-seq 评估产生的基因表达变化。此外,为了直接比较每个患者的细胞因子刺激效果,从相同的 RA 滑膜组织样本中分离出 FLS,用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 或 TNFα 和 IFNγ 刺激它们并进行 scATAC/RNA -seq。分析发...
分别构建gDNA和cDNA的文库用于下一代测序。对Spatial CUT&Tag–RNA-seq,将特定组蛋白修饰 (H3K27me3、H3K27ac或H3K4me3组蛋白修饰) 的抗体应用于组织切片,随后使用protein A连接的Tn5-DNA复合物进行CUT&Tag实验,剩余步骤与spatial ATAC–RNA-seq类似 (图1) ,最终得到组织中组蛋白修饰和转录组的空间共同分析结果...
为了基准测试spatial-ATAC-seq数据,作者将ENCODE数据库中器官特异的ATAC-seq数据投射到他们的UMAP。总体而言,鉴定的聚类与bulk ATAC-seq的投射匹配良好,并且区分所有主要的发育组织和器官(bulk数据和空间ATAC-seq数据之间的一些不一致可能归因于像素中包含多种细胞类型)。作者进一步检查细胞类型特异性标记基因,确定为簇间...
在这里,使用配对的单细胞 RNA 和 ATAC 测序 (scRNA/ATAC-seq)、多重成像和空间转录组学以及细胞的体外建模来探索类风湿性关节炎 (RA) 患者发炎关节中滑膜成纤维细胞 (FLS) 的异质性外在因素信号。这些分析表明,局部暴露于骨髓和 T 细胞衍生的细胞因子、TNFα、IFNγ、IL-1β 或缺乏会导致六种不同的 FLS ...
鼠脑数据共分为两类,一类是ATAC–RNA-seq,目的是测量mRNA和开放染色质区域;另一个是RNA-seq与CUT&Tag模式。通过这一整合方法,研究人员能够识别和区分更多的皮层层次,比原始数据注释更为详细。这一发现揭示了大脑结构的复杂性,并展示了SpatialGlue在解析复杂组织样本方面的潜力。
鼠脑数据共分为两类,一类是ATAC–RNA-seq,目的是测量mRNA和开放染色质区域;另一个是RNA-seq与CUT&Tag模式。通过这一整合方法,研究人员能够识别和区分更多的皮层层次,比原始数据注释更为详细。这一发现揭示了大脑结构的复杂性,并展示了SpatialGlue在解析复杂组织样本方面的潜力。
鼠脑数据共分为两类,一类是ATAC–RNA-seq,目的是测量mRNA和开放染色质区域;另一个是RNA-seq与CUT&Tag模式。通过这一整合方法,研究人员能够识别和区分更多的皮层层次,比原始数据注释更为详细。这一发现揭示了大脑结构的复杂性,并展示了SpatialGlue在解析复杂组织样本方面的潜力。
(a microfluidics-based barcoding strategy) [59] have also been developed and applied, and extended to spatial multi-omics (SM-omics), such as microfluidic indexing based spatial ATAC and RNA sequencing (MISAR-seq) [60] and spatial co-indexing of transcriptomes and epitopes (spatial-CITE-seq) ...
Spatial-ATAC-seq: spatially resolved chromatin accessibility profiling of tissues at genome scale and cellular level. Preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2021.06.06.447244 (2021). Article PubMed PubMed Central Google Scholar Deng, Y. et al. Spatial-CUT&Tag: spatially resolved chromatin ...