作者随后将spatial-ATAC-seq数据与单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据联合,给每个簇分配细胞类型(图2d-f)。例如,明确的红细胞主要出现在肝脏中,中胚层位于内脏区,放射状胶质细胞主要分布在中枢神经系统。精细的聚类过程也使兴奋性神经元中具有不同空间分布、marker基因和染色质调节元件的亚群的识别成为可能。 03 E11 小鼠...
There is an issue in the spatial RNA-seq tutorial. If you try and run it on any data that is not your example dataset. That is loading from the output of spaceranger. When you try and run the first set of plots you get the error: Error in FUN(left, right) : non-numeric argument...
Alzheimer’s Disease (AD) pathology has been increasingly explored through single-cell and single-nucleus RNA-sequencing (scRNA-seq & snRNA-seq) and spatial transcriptomics (ST). However, the surge in data demands a comprehensive, user-friendly repos
对Spatial CUT&Tag–RNA-seq,将特定组蛋白修饰 (H3K27me3、H3K27ac或H3K4me3组蛋白修饰) 的抗体应用于组织切片,随后使用protein A连接的Tn5-DNA复合物进行CUT&Tag实验,剩余步骤与spatial ATAC–RNA-seq类似 (图1) ,最终得到组织中组蛋白修饰和转录组的空间共同分析结果。 图1 Spatial ATAC–RNA-seq和Spatial ...
Bulk RNAseq studies average global gene expression, scRNAseq investigates single cell RNA biology up to 20,000 individual cells simultaneously, while spRNAseq has ability to dissect RNA activities spatially, representing next generation of RNA sequencing. This article highlights these technologies, ...
本次教程中,我们将学习如何使用Seurat3处理空间转录组数据。整体的分析流程类似于Seurat的单细胞RNA-seq分析流程,同时我们还引入了一些交互可视化的分析工具,将细胞所处的空间信息和分子表达信息进行整合。特别强调了空间和分子信息的集成。 主要的分析流程:
空间位置可以通过选择和分离已知位置和形状的ROI来获得。这可以通过物理和光学标记ROI进行分离。分离出的ROI可以用互补DNA(cDNA)微阵列或RNA测序(RNA-seq)进行分析,或解离成单细胞进行scRNA-seq。 a. IR LCM. b, GeoMX DSP 物理显微切割包括LCM、2000s voxelation和Tomo-seq。自1999年以来,迄今为止使用最广泛的...
而scRNA-seq技术的检测效率在3%到25%之间,Cartana ISS和FISSEQ的检测效率分别为~5%和~0.005%,STARmap只比scRNA-seq好一点。然而,与smFISH相比,ExSeq表示每个细胞的检测基因的效率高达62%。较新的技术倾向于跳过RT,使挂锁探针在RNA模板上的连接更有效,如BOLORAMIS和基于杂交的RNA ISS(HybRISS),或者用类似seqFISH...
鼠脑数据共分为两类,一类是ATAC–RNA-seq,目的是测量mRNA和开放染色质区域;另一个是RNA-seq与CUT&Tag模式。通过这一整合方法,研究人员能够识别和区分更多的皮层层次,比原始数据注释更为详细。这一发现揭示了大脑结构的复杂性,并展示了SpatialGlue在解析复杂组织样本方面的潜力。
FLS 用与 RA 相关的三种主要细胞因子——TNFα、IFNγ 和 IL-1β,单独或联合刺激——并使用 RNA-seq 评估产生的基因表达变化。此外,为了直接比较每个患者的细胞因子刺激效果,从相同的 RA 滑膜组织样本中分离出 FLS,用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 或 TNFα 和 IFNγ 刺激它们并进行 scATAC/RNA -seq。分析发...