Bulk RNAseq studies average global gene expression, scRNAseq investigates single cell RNA biology up to 20,000 individual cells simultaneously, while spRNAseq has ability to dissect RNA activities spatially, representing next generation of RNA sequencing. This article highlights these technologies, ...
There is an issue in the spatial RNA-seq tutorial. If you try and run it on any data that is not your example dataset. That is loading from the output of spaceranger. When you try and run the first set of plots you get the error: Error in FUN(left, right) : non-numeric argument...
作者随后将spatial-ATAC-seq数据与单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据联合,给每个簇分配细胞类型(图2d-f)。例如,明确的红细胞主要出现在肝脏中,中胚层位于内脏区,放射状胶质细胞主要分布在中枢神经系统。精细的聚类过程也使兴奋性神经元中具有不同空间分布、marker基因和染色质调节元件的亚群的识别成为可能。 03 E11 小鼠...
Alzheimer’s Disease (AD) pathology has been increasingly explored through single-cell and single-nucleus RNA-sequencing (scRNA-seq & snRNA-seq) and spatial transcriptomics (ST). However, the surge in data demands a comprehensive, user-friendly repos
Spatial ATAC–RNA-seq 和 Spatial CUT&Tag–RNA-seq ,代表了空间生物学中获得信息最为丰富的工具之一,可以预见其在生物医学研究的各个领域中均能得到广泛应用。从长远来看, 樊荣 教授团队希望 将该技术应用于各种组织类型,并生成表观遗传和转录状态的空间图谱。 据悉,樊荣教授团队目前 正在开发更多空间组学新技术...
Spatial transcriptomics technologies with high resolution often lack high sensitivity in mRNA detection. Here we report a dendrimeric DNA coordinate barcoding design for spatial RNA sequencing (Decoder-seq), which offers both high sensitivity and high re
空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是在二维平面上定位 mRNA-seq 数据的技术。常规的转录组测序可以揭示 mRNA 的表达信息,但无法获得准确定位;常规的染色显影技术以揭示特定组织区域的分子特征,但不包含准确、完整的 mRNA 表达谱信息。为了弥补这个技术缺憾,在一次实验中同时获取 RNA 的表达信息和 RNA 的空间位置,...
FLS 用与 RA 相关的三种主要细胞因子——TNFα、IFNγ 和 IL-1β,单独或联合刺激——并使用 RNA-seq 评估产生的基因表达变化。此外,为了直接比较每个患者的细胞因子刺激效果,从相同的 RA 滑膜组织样本中分离出 FLS,用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 或 TNFα 和 IFNγ 刺激它们并进行 scATAC/RNA -seq。分析发...
本次教程中,我们将学习如何使用Seurat3处理空间转录组数据。整体的分析流程类似于Seurat的单细胞RNA-seq分析流程,同时我们还引入了一些交互可视化的分析工具,将细胞所处的空间信息和分子表达信息进行整合。特别强调了空间和分子信息的集成。 主要的分析流程:
空间注释包括从不同数据集得到的多种信息,如H&E图像中的组织学区域、Visium数据得到的肿瘤克隆(通过拷贝数变异分析)以及Xenium和单细胞RNA测序(scRNA-seq)得到的细胞类型。这些空间注释被表示为不同的空间元素(如多边形、圆形、分子),并可以通过...